(一)地域管轄，是根據(jù)稅務(wù)機(jī)關(guān)的管理區(qū)確定其實(shí)施稽查權(quán)的地域范圍，是橫向劃分同級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)之間及其所屬專門職能機(jī)構(gòu)在各自管轄區(qū)域內(nèi)實(shí)施稽查的權(quán)限分工?！抖悇?wù)稽查工作規(guī)程》第15條規(guī)定：稅務(wù)案件的查處，原則上由被查對(duì)象所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)負(fù)責(zé);發(fā)票案件由案發(fā)地稅務(wù)機(jī)關(guān)負(fù)責(zé);稅法另有規(guī)定的，按稅法規(guī)定執(zhí)行。
　　由被查對(duì)象所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)負(fù)責(zé)稅務(wù)案件的查處的屬地原則是與稅務(wù)管理相一致的，這樣做可以將日常的管理權(quán)和稽查權(quán)結(jié)合起來，便于開展稅務(wù)稽查。
　　《規(guī)程》還規(guī)定，發(fā)票案件由案發(fā)地負(fù)責(zé)。利用發(fā)票進(jìn)行違法犯罪的，多數(shù)都是跨地區(qū)作案，具有流動(dòng)性大、隱蔽性強(qiáng)等特點(diǎn)，所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)往往難以及時(shí)掌握，另一方面，利用發(fā)票進(jìn)行犯罪活動(dòng)有的是納稅人，有的則是沒有辦理稅務(wù)登記的非納稅人，無法按照屬地管轄原則來確定管轄權(quán)。因此，由案發(fā)地稅務(wù)機(jī)關(guān)負(fù)責(zé)發(fā)票案件的查處更為合理。
　　稅法另有規(guī)定的，按稅法規(guī)定執(zhí)行，主要是針對(duì)納稅人所在地與經(jīng)常行為發(fā)生地不一致時(shí)作出的特殊規(guī)定。如《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例》關(guān)于營業(yè)稅的納稅地點(diǎn)做了明確規(guī)定，納稅人提供勞務(wù)的，應(yīng)當(dāng)向應(yīng)稅勞務(wù)發(fā)生地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)納稅。這一經(jīng)營行為發(fā)生地的管理原則也適用于稽查管轄;納稅人銷售不動(dòng)產(chǎn)，轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)應(yīng)向不動(dòng)產(chǎn)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)納稅，則稅務(wù)稽查也應(yīng)由不動(dòng)產(chǎn)所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)執(zhí)行。
　　(二)級(jí)別管轄，指根據(jù)稅務(wù)機(jī)關(guān)的級(jí)別確定其稽查的管轄范圍。它主要根據(jù)稅務(wù)違法的性質(zhì)、情節(jié)的輕重、影響的大小和案件的復(fù)雜程度等情況來確定。
　　依照《規(guī)程》第17條規(guī)定，下列案件由上一級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)查處或統(tǒng)一組織力量查處：
　　1.重大偷稅、逃避追繳欠稅、騙取出口退稅、避稅、抗稅。
　　2.重大偽造、倒賣、非法代開、虛開發(fā)票以及其他重大稅務(wù)違法案件。
　　3.群眾舉報(bào)確需由上級(jí)派人查處的案件。
　　4.涉及到被查對(duì)象主管稅務(wù)機(jī)關(guān)人員的案件。
　　5.上級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)為需要自己查處的案件。
　　6.下級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)為有必要請(qǐng)示上級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)查處的案件。
　　(三)職能管轄，指不同的稅務(wù)機(jī)關(guān)依據(jù)各自不同的職權(quán)對(duì)實(shí)施稽查所作的分工，是稅務(wù)機(jī)關(guān)根據(jù)其管理職能確定對(duì)稽查事項(xiàng)的管轄權(quán)?！兑?guī)程》第14條款規(guī)定，各地國家稅務(wù)局、地方稅務(wù)局分別負(fù)責(zé)所管轄稅收的稅務(wù)稽查工作。在工作中遇有屬于對(duì)方管轄范圍問題的，應(yīng)及時(shí)通報(bào)對(duì)方查處;查處同一稅收問題認(rèn)定上有不同意見時(shí)，先按照負(fù)責(zé)此項(xiàng)稅收的稅務(wù)機(jī)關(guān)的意見執(zhí)行，然后報(bào)負(fù)責(zé)此項(xiàng)稅收的上級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)裁定，以裁定的意見為準(zhǔn)。
　　職能管轄是由分稅制的財(cái)政體制決定的。實(shí)行分稅制后，國務(wù)院就稅收管理權(quán)限的劃分問題已進(jìn)行了明確，是劃分稅務(wù)稽查管轄的主要標(biāo)準(zhǔn)。國家稅務(wù)局、地方稅務(wù)局只能負(fù)責(zé)所管轄稅收的稽查工作，如果在稅收問題的認(rèn)定上出現(xiàn)異議，則以負(fù)責(zé)該項(xiàng)稅收工作的上級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)裁定的意見為準(zhǔn)，如增值稅稅額的認(rèn)定以國家稅務(wù)局意見為準(zhǔn)。
　　(四)指定管轄，指上級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)以決定的方式指定下級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)某一稽查事項(xiàng)行使管轄權(quán)。這通常是由于兩個(gè)或者兩個(gè)以上的稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)稽查的管轄發(fā)生糾紛或者因特殊情況無法行使管轄權(quán)時(shí)，才由上級(jí)機(jī)關(guān)確定由誰管轄?！兑?guī)程》第16條規(guī)定，在國稅、地稅各自系統(tǒng)內(nèi)，查處的稅務(wù)案件如果涉及兩個(gè)或者兩個(gè)以上稅務(wù)機(jī)關(guān)管轄的，由*8查處的稅務(wù)機(jī)關(guān)負(fù)責(zé);管轄權(quán)發(fā)生爭(zhēng)議的，有關(guān)稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)本著有利于查處的原則協(xié)商確定查處權(quán);協(xié)商不能取得一致意見的，由共同的上一級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)協(xié)商或者裁定后執(zhí)行。