（一）營改增可以抵減的銷項(xiàng)稅額未在資產(chǎn)負(fù)債表上及時(shí)、完整體現(xiàn)
文件規(guī)定：“一般納稅人提供應(yīng)稅服務(wù)，試點(diǎn)期間按照營業(yè)稅改征增值稅有關(guān)規(guī)定允許從銷售額中扣除其支付給非試點(diǎn)納稅人價(jià)款的，應(yīng)在“應(yīng)交稅費(fèi)——應(yīng)交增值稅”科目下增設(shè)“營改增抵減的銷項(xiàng)稅額”專欄，用于記錄該企業(yè)因按規(guī)定扣減銷售額而減少的銷項(xiàng)稅額”。但是由于當(dāng)期抵減的銷項(xiàng)稅額與本期實(shí)際產(chǎn)生、可以用于抵減當(dāng)期和未來期間的銷項(xiàng)稅額并非完全一致，可能存在時(shí)間性差異。那么，只在“應(yīng)交增值稅”下面增加“營改增抵減的銷項(xiàng)稅額”還不能滿足企業(yè)的核算要求，主要有：
一是未完全反應(yīng)納稅人可以抵減的銷項(xiàng)稅額。如增值稅附表（三）應(yīng)稅服務(wù)扣除項(xiàng)目中，第4列“本期應(yīng)扣除金額=2+3”，即期初余額+本期發(fā)生額，而第5列，本期實(shí)際扣除金額需較本期應(yīng)扣除金額小，同時(shí)也小于本期應(yīng)稅服務(wù)銷售額。納稅人本期營改增實(shí)際抵減的銷項(xiàng)稅額與納稅人可以用于抵減的銷項(xiàng)稅額不完全一致，“營改增抵減的銷項(xiàng)稅額”僅為當(dāng)期實(shí)際抵減數(shù)。
二是未及時(shí)反應(yīng)納稅人本期新增的、全部可以抵減銷項(xiàng)稅額的資產(chǎn)。當(dāng)納稅人購進(jìn)可以抵扣銷售額的服務(wù)時(shí)，相關(guān)權(quán)利即行產(chǎn)生，形成了一項(xiàng)可以抵減應(yīng)交增值稅的資產(chǎn)，按照權(quán)責(zé)發(fā)生制原則，需及時(shí)體現(xiàn)該項(xiàng)資產(chǎn)。
三是未完整體現(xiàn)納稅人期末尚存的、可以抵減未來期間的銷項(xiàng)稅額的資產(chǎn)。公司產(chǎn)生的可以抵減銷項(xiàng)稅額、但本期尚未抵減的，按照權(quán)責(zé)發(fā)生制原則，應(yīng)確認(rèn)為資產(chǎn)，但按目前科目體系，該資產(chǎn)尚未體現(xiàn)。
（二）差額征稅的銷項(xiàng)稅額明細(xì)賬發(fā)生額重復(fù)體現(xiàn)
在“應(yīng)交增值稅”借方增加“營改增抵減的銷項(xiàng)稅額”之后，銷項(xiàng)稅額則按未扣除服務(wù)項(xiàng)目的銷售額及價(jià)外費(fèi)用與增值稅率來計(jì)算，導(dǎo)致出現(xiàn)“三個(gè)不符”：
首先，賬實(shí)不符：銷項(xiàng)稅額明細(xì)賬發(fā)生額與銷項(xiàng)稅額定義不符。
根據(jù)財(cái)稅〔2016〕36號附件一：“《營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)實(shí)施辦法》第二十二條銷項(xiàng)稅額，是指納稅人發(fā)生應(yīng)稅行為按照銷售額和增值稅稅率計(jì)算并收取的增值稅額。銷項(xiàng)稅額計(jì)算公式：銷項(xiàng)稅額=銷售額×稅率”；而附件2《營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)有關(guān)事項(xiàng)的規(guī)定》*9（三）銷售額，對于差額征稅的各種應(yīng)稅行為，均是指扣減了相關(guān)購入成本、費(fèi)用后的余額。明細(xì)賬上以未扣除成本費(fèi)用的銷售額所計(jì)算的銷項(xiàng)稅額與稅收文件相關(guān)定義不符。
其次，賬表不符：銷項(xiàng)稅額明細(xì)賬發(fā)生額與《增值稅納稅申報(bào)表》主表第11欄“銷項(xiàng)稅額”不符。
填寫說明：“第11欄銷項(xiàng)稅額：填寫納稅人本期按一般計(jì)稅方法計(jì)稅的貨物、勞務(wù)和應(yīng)稅服務(wù)的銷項(xiàng)稅額。營業(yè)稅改征增值稅的納稅人，應(yīng)稅服務(wù)有扣除項(xiàng)目的，本欄應(yīng)填寫扣除之后的銷項(xiàng)稅額。”
第三，賬證不符：銷項(xiàng)稅額明細(xì)賬與提供的增值稅專用發(fā)票銷項(xiàng)稅額不符。
除部分差額征稅不能開具專用發(fā)票，如金融產(chǎn)品轉(zhuǎn)讓、旅游服務(wù)選擇差額征收外，其他可以開具增值稅專用發(fā)票的業(yè)務(wù)。銷項(xiàng)稅額系按照扣除費(fèi)用后的銷售額計(jì)算銷項(xiàng)稅額，與賬上未扣除費(fèi)用計(jì)算的銷項(xiàng)稅額不符；雖然與“應(yīng)交增值稅——營改增抵減的銷項(xiàng)稅額”夾差之后，應(yīng)交增值稅余額不會增加，但應(yīng)交增值稅借貸明細(xì)發(fā)生額均同步虛增。
例1：某客運(yùn)站在5月提供客運(yùn)服務(wù)收入和價(jià)外費(fèi)用共計(jì)106萬元，其中支付給運(yùn)輸公司84.8萬元。根據(jù)文件規(guī)定，
銷售額=106-84.8=21.2萬元，
不含稅銷售額=21.2/1.06=20萬元
銷項(xiàng)稅額=20*6%=1.2萬元。
如果開具專用發(fā)票，則銷項(xiàng)稅額應(yīng)為1.2萬元（接受客運(yùn)服務(wù)不能抵扣）。
但是，增值稅會計(jì)核算上的應(yīng)交稅費(fèi)——應(yīng)交增值稅（銷項(xiàng)稅額）則為106/1.06*6%=6萬元，營改增抵減的銷項(xiàng)稅額為84.8/1.06*=4.8萬元，只有將兩者夾差才知道實(shí)際的銷項(xiàng)稅額為1.2萬元。這樣不便于增值稅納稅申報(bào)表進(jìn)行比對。
（三）增值稅留抵稅額轉(zhuǎn)入時(shí)導(dǎo)致“進(jìn)項(xiàng)稅額”與“進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出”明細(xì)賬余額同步虛增
根據(jù)財(cái)會[2012]13號，試點(diǎn)地區(qū)兼有應(yīng)稅服務(wù)的原增值稅一般納稅人，截止到開始試點(diǎn)當(dāng)月月初的增值稅留抵稅額按照營業(yè)稅改征增值稅有關(guān)規(guī)定不得從應(yīng)稅服務(wù)的銷項(xiàng)稅額中抵扣的，應(yīng)在“應(yīng)交稅費(fèi)”科目下增設(shè)“增值稅留抵稅額”明細(xì)科目。
開始試點(diǎn)當(dāng)月月初，企業(yè)應(yīng)按不得從應(yīng)稅服務(wù)的銷項(xiàng)稅額中抵扣的增值稅留抵稅額，借記“應(yīng)交稅費(fèi)——增值稅留抵稅額”科目，貸記“應(yīng)交稅費(fèi)——應(yīng)交增值稅（進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出）”科目。待以后期間允許抵扣時(shí)，按允許抵扣的金額，借記“應(yīng)交稅費(fèi)——應(yīng)交增值稅（進(jìn)項(xiàng)稅額）”科目，貸記“應(yīng)交稅費(fèi)——增值稅留抵稅額”科目。
這種情形，在營改增全面推開后，仍然存在：如附件2（四）進(jìn)項(xiàng)稅額適用一般計(jì)稅方法的試點(diǎn)納稅人，2016年5月1日后取得并在會計(jì)制度上按固定資產(chǎn)核算的不動產(chǎn)或者2016年5月1日后取得的不動產(chǎn)在建工程，其進(jìn)項(xiàng)稅額應(yīng)自取得之日起分2年從銷項(xiàng)稅額中抵扣，*9年抵扣比例為60%，第二年抵扣比例為40%。
上述轉(zhuǎn)出環(huán)節(jié)處理無異議，但當(dāng)以后期間允許抵扣時(shí)，借記應(yīng)交增值稅（進(jìn)項(xiàng)稅額），與之前取得發(fā)票期間確認(rèn)為應(yīng)交增值稅（進(jìn)項(xiàng)稅額）重復(fù)確認(rèn)，且造成當(dāng)期賬證、賬表不符，即進(jìn)項(xiàng)稅額明細(xì)賬與所取得的增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額發(fā)票不一致；與增值稅納稅申報(bào)表主表和附表2均不一致。盡管應(yīng)交增值稅余額正確，但進(jìn)項(xiàng)稅額與進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出余額同步虛增，假如納稅人多次轉(zhuǎn)出和轉(zhuǎn)回，進(jìn)項(xiàng)稅額與進(jìn)項(xiàng)稅轉(zhuǎn)出將可能虛增更多。
（四）處理規(guī)范陳舊，不能滿足全面推開后的增值核算要求
因財(cái)會[2012]13號系以已經(jīng)作廢的《財(cái)政部國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)方案〉的通知》(財(cái)稅[2011]110號)為依據(jù)，已不能滿足當(dāng)前營改增已全面推開的增值稅會計(jì)核算與管理要求，突出表現(xiàn)在難以滿足如下新的要求：
1、增值稅應(yīng)稅行為多樣化、多種稅率（征收率）并存
產(chǎn)品、勞務(wù)、服務(wù)、不動產(chǎn)及無形資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓均征收增值稅，相關(guān)稅率有17%、13%、11%、6%，還同時(shí)存在可以選擇適用簡易征收辦法，征收率既有3%，也有5%。
2、一般計(jì)稅方法和可選擇簡易計(jì)稅方法并存
公司既要能滿足一般納稅人增值稅會計(jì)核算，也要滿足簡易計(jì)征應(yīng)交增值稅核算要求，兩者明細(xì)科目不可混用。
3、部分銷售服務(wù)地預(yù)征和機(jī)構(gòu)所在地納稅申報(bào)并存
跨縣（市）經(jīng)營的建筑企業(yè)和房地產(chǎn)業(yè)還存在企業(yè)不再象以前是單一的一般納稅人或小規(guī)模納稅人的增值稅核算。
4、銷售額全額計(jì)征與差額計(jì)征并存
未取得專用發(fā)票，但可以（或在一定時(shí)間內(nèi)）扣除應(yīng)稅銷售額的服務(wù)，主要有：如金融商品轉(zhuǎn)讓的買入價(jià)、經(jīng)批準(zhǔn)的融資租賃企業(yè)支付的借款利息（包括外匯借款和人民幣借款利息）、發(fā)行債券利息和車輛購置稅等。
5、部分進(jìn)項(xiàng)稅額可以轉(zhuǎn)回
按照《試點(diǎn)實(shí)施辦法》第二十七條第（一）項(xiàng)規(guī)定不得抵扣且未抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額的固定資產(chǎn)、無形資產(chǎn)、不動產(chǎn)，發(fā)生用途改變，用于允許抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額的應(yīng)稅項(xiàng)目，可在用途改變的次月按照下列公式計(jì)算可以抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額：
可以抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額=固定資產(chǎn)、無形資產(chǎn)、不動產(chǎn)凈值/（1+適用稅率）×適用稅率
6、增值稅負(fù)分析更為復(fù)雜
企業(yè)增值稅負(fù)不是簡單意義上的應(yīng)交增值稅額除以銷售收入的比率。從銷售收入層面，需要考慮視同銷售收入、存貨本期增減變動因素、銷售方式（如出口退稅、免稅）、不同應(yīng)稅行為（產(chǎn)品、服務(wù)、轉(zhuǎn)讓不動產(chǎn)及無形資產(chǎn)）；從采購層面，也需要考慮不同產(chǎn)品與服務(wù)、免稅進(jìn)口、分期抵扣、設(shè)備與不動產(chǎn)投資購置等諸多因素。否則，企業(yè)的稅負(fù)波動難以理解、相同行業(yè)、不同企業(yè)之間及同一企業(yè)不同時(shí)期的稅負(fù)率也相差很大。企業(yè)如果需及時(shí)了解增值稅稅負(fù)波動原因，按照現(xiàn)有增值稅核算層級難以做到，需要借助更多的備查賬簿才能達(dá)到目的，反而增加了核算工作量。
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