《關于企業(yè)工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》（國稅函[2009]3號）明確規(guī)定“企業(yè)發(fā)生的職工福利費，應該單獨設置賬冊，進行準確核算。沒有單獨設置賬冊準確核算的，稅務機關應責令企業(yè)在規(guī)定的期限內(nèi)進行改正。逾期仍未改正的，稅務機關可對企業(yè)發(fā)生的職工福利費進行合理的核定”。
有人據(jù)此認為，稅務部門要求企業(yè)“單獨設置賬冊”，就是要求企業(yè)對職工福利費的支出在專門設置的賬冊中單獨進行核算，即必須將對職工福利費進行明細核算的賬頁單獨裝訂成冊，而不僅是簡單設置賬戶。這不僅說明了稅務部門已非常重視對職工福利支出稅前扣除的管理，而且也體現(xiàn)了職工福利費核算本身對納稅影響的重要性。
但是，國稅函[2009]3號文實際上并沒有對究竟如何“單獨設置賬冊”以及如何“準確核算”職工福利費的問題予以明確說明。筆者認為，如果拘泥于“成冊”的形式，一般企業(yè)僅幾頁紙的職工福利費明細賬頁如何裝訂成冊？而如果強調(diào)職工福利費核算對納稅影響的重要性，那對納稅影響更重要的成本、費用科目的核算是不是更應該“單獨設置賬冊”？還有，如果企業(yè)對職工福利費設置的賬戶和核算的賬頁能夠滿足稅務部門核算清晰、規(guī)范、準確的要求，且便于日常納稅申報和稅收征管，而職工福利費的核算內(nèi)容又確實很少，僅僅幾頁紙，那有沒有必要拘泥于單獨裝訂成冊的形式呢？所以，究竟應如何執(zhí)行好國稅函[2009]3號文的上述規(guī)定還有待國家予以明確。
筆者認為，在稅務部門對上述問題沒有明確解釋以前，一方面，企業(yè)最起碼應該單獨設置核算職工福利費的專門賬戶，清晰和準確核算職工福利費的各項明細內(nèi)容。如執(zhí)行《企業(yè)會計制度》的企業(yè)可單獨設置“應付福利費”一級賬戶，必要時再設置二級明細賬戶；執(zhí)行《企業(yè)會計準則》的企業(yè)，在“應付職工薪酬”一級科目下設置專門的二級明細賬戶，必要時可專門增設核算職工福利費的一級賬戶——“職工福利費支出”，在此一級賬戶下再設置二級明細賬戶。
另一方面，在設置上述賬戶的基礎上，如果企業(yè)能夠?qū)Πl(fā)生的職工福利費從支出的計劃、確認，到原始憑證的審批和會計憑證的記載、復核，再到對有關職工福利費賬戶的登載等都能夠嚴格按照真實、清晰、規(guī)范和準確的要求進行，達到便于企業(yè)自身納稅申報和稅務部門日常監(jiān)督、檢查的目的。在這種情況下，筆者認為，不管是日常的稅收征管還是稅務稽查，都不必再拘泥于必須“單獨設置賬冊”，更不必對企業(yè)發(fā)生的職工福利費“進行合理的核定”。
但是，如果不能達到上述要求，則不管是日常的稅收征管還是稅務稽查，一旦發(fā)現(xiàn)企業(yè)的職工福利費核算存在問題，都可能責令企業(yè)在規(guī)定的期限內(nèi)進行改正，逾期仍未改正的，則很可能對企業(yè)發(fā)生的職工福利費進行合理的核定。所以，企業(yè)應充分領會國稅函[2009]3號文對職工福利費進行規(guī)范核算的精神實質(zhì)，認真、仔細、準確地做好職工福利費的核算工作。
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