1、制度上的缺陷
社會綜合治稅的法律基本依據是《中華人民共和國預算法》和《中華人民共和國稅收征收管理法》，但這些法律沒有程序性的規(guī)定和明確的操作流程和操作要求，對具體哪些單位和部門涉稅事宜具有協(xié)助義務，這些相關部門和單位又采用何種形式、何種程序對稅務機關進行協(xié)助等等均未涉及。同時，協(xié)助群體的范圍狹窄。盡管社會綜合治稅特點為“政府領導，稅務主管，部門配合，社會參與，司法保障，信息化支撐”，但對社會參與主體(民間組織、非營利組織等第三方部門)無明文規(guī)定規(guī)范。如現(xiàn)有《中華人民共和國預算法》和《中華人民共和國稅收征收管理法》規(guī)定的參與主體僅是“各級政府”和“各有關部門和單位”，而將民間組織、非營利組織等第三方部門排除在外，使這些主體在參與社會綜合治稅時缺乏必要的法律依據，名不正言不順。
目前，由于國家沒有統(tǒng)一規(guī)定，而省級政府出臺的這種全方位、寬領域的社會綜合治稅機制，如《湖北省地方稅費征收保障辦法》卻因無針對性和現(xiàn)實操作性而難以有效落實。而各地稅務部門在加強稅收征管力度的同時，必然對某領域的稅源采取一定的征管措施，形成社會綜合治稅的地區(qū)性差異。這種社會綜合洽稅效果地區(qū)間的明顯差距，必會引起各地區(qū)稅收流失的程度不同，造成不同地區(qū)之間稅收負擔的差異，可能會導致資本向社會綜合治稅效果較差或根本沒有實施社會綜合治稅的地區(qū)轉移。
2、手段單一落后
*9，涉稅信息的交換基本上局限于紙質手工傳遞狀態(tài)。大多時候這種涉稅信息傳遞交換方式是地稅部門根據工作的需要提出數(shù)據請求，相關單位根據數(shù)據請求提供給地稅部門，而且這一信息載體通常是紙質文件 部門辦公地點的空間距離更是影響了數(shù)據資料傳遞的及時性。第二，信息傳遞缺少制度化和規(guī)范化。國、地稅部門間，稅務部門與其他相關部門之間的信息并未完全實現(xiàn)聯(lián)網共享，信息傳遞以人工紙質傳遞方式為主，其及時性和完整性遠遠不能達到社會綜合治稅的要求。其實社會綜合洽稅的各個參與部門基本都有內部的信息管理系統(tǒng)，但由于缺乏統(tǒng)一的信息交換平臺以及部門之間信息系統(tǒng)存在著機構不對稱、標準不統(tǒng)一的問題，會造成涉稅信息整合難度大、使用不充分。
3、部門協(xié)作不緊密
首先，政府相關協(xié)稅部門對社會綜合治稅思想認識不夠，主觀上缺乏行政協(xié)助主動性。通常是稅務部門就某事項某重點稅收要求協(xié)作時，先由稅務機關領導與地方政府分管領導進行匯報，然后擬定一個操作要求，再由各部門的領導和相關部門負責人一起召開聯(lián)席會議，形成會議紀要，并按紀要規(guī)定執(zhí)行。其次，在政府各部門形成協(xié)作方案后，在具體實施過程中通常也是困難重重，最主要表現(xiàn)在稅務部門需要調查相關涉稅情況、獲取涉稅信息時，相關單位或以數(shù)據查詢難度大為托辭，或出于部門利益考慮，拒絕協(xié)助調查，有時甚至暗中設置阻力。尤其是存在著地方保護主義和本位主義的影響，地方政府在招商引資過程中不僅打土地價格戰(zhàn)，同時打稅收政策戰(zhàn)，地方政府會直接或間接地要求稅務部門對引資項目稅收控管放松，或要求任意減免返還稅收，或先征后返，或為其稅收違規(guī)行為說情，隨意降低稅法剛性。
4、覆蓋面不夠
目前，地稅部門在推進房地產稅收一體化管理中，與國土、房產等部門建立了較好的協(xié)作機制；車船稅稅收征管也與公安部門的交通管理部門、保險公司等單位形成緊密配合，這些都值得肯定。但是，現(xiàn)實中還存在諸多涉稅事項在社會治稅網絡體系中做得不到位的現(xiàn)象。例如，行政事業(yè)單位、機關團體、企業(yè)以及個體在個人所得稅的代扣代繳機制方面就顯得很被動，甚至不配合；部分無證戶、臨時戶代理開具增值稅發(fā)票，因國、地稅業(yè)務的割裂，造成附加稅費征收空白，對于這種臨時性、流動性和隱蔽性較強的涉稅行為，卻沒能在社會綜合治稅的網絡中得到很好的控管。
5、缺乏監(jiān)督機制
社會綜合治稅涉及到多部門、多單位的協(xié)作與配合，如果沒嚴格的監(jiān)督機制和獎懲措施，很難調動各個部門或單位的積極性。從目前實際工作看，許多單位對社會綜合治稅工作只是停于表面，應付得多，只是在涉及到部門利益時才會積極投入，而當影響到本部門利益時往往會采用不配合或軟抵制的方式來應付。
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