系統(tǒng)導向審計和風險導向審計均研究和評價內部控制，或以此為導向性目標，或以此為導向性目標的重要考慮對象。因此，二者在審計程序和概念方面有許多相似之處，同時也容易導致在審計準則制定和審計教材的編寫方面概念的模糊不清。為規(guī)范相關審計概念，完善審計理論，必須了解二者的區(qū)別。
兩種審計導向模式的區(qū)別主要是：
①導向性目標不同。系統(tǒng)導向審計以內部控制制度（主要是內部會計控制）的評價為基礎，確定其可信賴程度，并據(jù)以確定審計的重點、范圍和方法；風險導向審計以評價審計風險為基礎，并據(jù)以確定審計的重點、范圍和方法。風險導向審計模式涉及固有風險、控制風險、可接受審計風險、檢查風險的評估和計算。
②研究和評價的對象——內部控制的概念及范圍不同。系統(tǒng)導向審計模式使用的概念是內部控制制度，其內容是傳統(tǒng)的二分法因素，主要關注內部會計控制；風險導向審計模式使用的概念是內部控制結構，其內容先是三分法因素，進而又發(fā)展為五分法因素。
③審計測試的內容不同。系統(tǒng)導向審計模式由兩種測試構成；風險導向審計模式由五種測試構成。
④分析性程序和重要性的使用不同。系統(tǒng)導向審計模式較少使用分析性程序，一職稱之為分析性復核，不涉及重要性概念及評估；風險導向審計模式廣泛應用分析性程序，涉及重要性概念及評估。
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