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中國農(nóng)業(yè)發(fā)展銀行、中國進出口銀行、中國投資有限責任公司、中國建設銀行股份有限公司、中國建銀投資有限責任公司、中國信達資產(chǎn)管理股份有限公司、中國石油天然氣股份有限公司、中國石油化工股份有限公司、海洋石油天然氣企業(yè)（包括中國海洋石油總公司、中海石油（中國）有限公司、中海油田服務股份有限公司、海洋石油工程股份有限公司）、中國長江電力股份有限公司等企業(yè)繳納的企業(yè)所得稅（包括滯納金、罰款）為中央收入，全額上繳中央國庫，其企業(yè)所得稅征收管理不適用本辦法。
?鐵路運輸企業(yè)所得稅征收管理不適用本辦法。
預繳辦法
第十七條又細化了“三因素”的具體所屬區(qū)間和具體內(nèi)涵，即上年度分支機構(gòu)的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額，是指分支機構(gòu)上年度全年的營業(yè)收入、職工薪酬數(shù)據(jù)和上年度12月31日的資產(chǎn)總額數(shù)據(jù)，是依照國家統(tǒng)一會計制度的規(guī)定核算的數(shù)據(jù)。明確了“三因素”是會計核算數(shù)據(jù)，而不是《企業(yè)所得稅法》規(guī)定的概念，不需要進行納稅調(diào)整，這可以提高“三因素”的確定性，減少總分支機構(gòu)主管稅務機關之間的分歧。
預繳辦法
?。ǘ┓謹偠惪畋壤恼{(diào)整。第十五條規(guī)定，分支機構(gòu)分攤比例按《辦法》規(guī)定方法一經(jīng)確定后，當年一般不作調(diào)整，即在當年預繳稅款和匯算清繳時均采用同一分攤比例。針對上市公司等在首次預繳分攤采用的?°三因素?±與其后經(jīng)過注冊會計師審計的?°三因素?±數(shù)據(jù)存在差異的情況，第十七條進一步說明，一個納稅年度內(nèi)，總機構(gòu)首次計算分攤稅款時采用的分支機構(gòu)?°三因素?±數(shù)據(jù)，與此后經(jīng)過中國注冊會計師審計確認的數(shù)據(jù)不一致的，不作調(diào)整，保證了年度內(nèi)分攤比例的一致性。
同時，第十五條也針對個別情況規(guī)定了例外情形，即出現(xiàn)《辦法》第五條第（四）項（當年撤銷分支機構(gòu)不再參與分攤）和第十六條第二款（總機構(gòu)設立具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能部門視同分支機構(gòu)，參與分攤）、第三款（企業(yè)外部重組與內(nèi)部重組形成新分支機構(gòu)不視同新設分支機構(gòu)，參與分攤）情形外，應重新計算分攤比例?？紤]到這是例外情形，并不會對分配比例的一致性造成沖擊。
預繳辦法
跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)2012年度匯算清繳是否適用該《辦法》？2013年度預繳企業(yè)所得稅款時如何與現(xiàn)行的預繳申報表銜接？
40號文件和《辦法》均自2013年1月1日
起施行，考慮到企業(yè)所得稅“按年計算，分月或分季預繳，年終匯算清繳”的特點，匯總納稅企業(yè)2012年度企業(yè)所得稅匯算清繳時仍適用財預[2008]10號文件和28號文件，不適用40號文件和《辦法》。
預繳辦法
財政部、國家稅務總局、中國人民銀行 關于《跨省市總分機構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預算管理辦法》的補充通知
財預[2012]453號
一、關于分支機構(gòu)查補收入的歸屬。二級分支機構(gòu)所在地主管稅務機關自行對二級分支機構(gòu)實施稅務檢查，二級分支機構(gòu)應將查補所得稅款、滯納金、罰款地方分享部分的50%歸屬該二級分支機構(gòu)所在地，就地辦理繳庫；其余50%分攤給總機構(gòu)辦理繳庫，其中，25%歸屬總機構(gòu)所在地，25%就地全額繳入中央國庫，由中央財政按照一定比例在各地區(qū)間分配。
二、關于稅款滯納金、罰款收入的歸屬。除查補稅款滯納金、罰款收入實行跨地區(qū)分享外，跨省市總分機構(gòu)企業(yè)繳納的其他企業(yè)所得稅滯納金、罰款收入不實行跨地區(qū)分享，按照規(guī)定的繳庫程序就地繳庫。
?1.匯總納稅企業(yè)應當自年度終了之日起5個月內(nèi)，由總機構(gòu)匯總計算企業(yè)年度應納所得稅額，扣除總機構(gòu)和各分支機構(gòu)已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照本辦法規(guī)定的稅款分攤方法計算總機構(gòu)和分支機構(gòu)的企業(yè)所得稅應繳應退稅款，分別由總機構(gòu)和分支機構(gòu)就地辦理稅款繳庫或退庫。
?匯總納稅企業(yè)在納稅年度內(nèi)預繳企業(yè)所得稅稅款少于全年應繳企業(yè)所得稅稅款的，應在匯算清繳期內(nèi)由總、分機構(gòu)分別結(jié)清應繳的企業(yè)所得稅稅款；預繳稅款超過應繳稅款的，主管稅務機關應及時按有關規(guī)定分別辦理退稅，或者經(jīng)總、分機構(gòu)同意后分別抵繳其下一年度應繳企業(yè)所得稅稅款。
?2.匯總納稅企業(yè)發(fā)生的資產(chǎn)損失，應按以下規(guī)定申報扣除：
?（一）總機構(gòu)及二級分支機構(gòu)發(fā)生的資產(chǎn)損失，除應按專項申報和清單申報的有關規(guī)定各自向所在地主管稅務機關申報外，二級分支機構(gòu)還應同時上報總機構(gòu)；三級及以下分支機構(gòu)發(fā)生的資產(chǎn)損失不需向所在地主管稅務機關申報，應并入二級分支機構(gòu)，由二級分支機構(gòu)統(tǒng)一申報。
?（二）總機構(gòu)對各分支機構(gòu)上報的資產(chǎn)損失，除稅務機關另有規(guī)定外，應以清單申報的形式向所在地主管稅務機關申報。
?（三）總機構(gòu)將分支機構(gòu)所屬資產(chǎn)捆綁打包轉(zhuǎn)讓所發(fā)生的資產(chǎn)損失，由總機構(gòu)向所在地主管稅務機關專項申報。
?二級分支機構(gòu)所在地主管稅務機關應對二級分支機構(gòu)申報扣除的資產(chǎn)損失強化后續(xù)管理。
ü3.對于按照稅收法律、法規(guī)和其他規(guī)定，總機構(gòu)和分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的，先由總機構(gòu)統(tǒng)一計算全部應納稅所得額，然后按本辦法第六條規(guī)定的比例和按第十五條計算的分攤比例，計算劃分不同稅率地區(qū)機構(gòu)的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應納稅額后加總計算出匯總納稅企業(yè)的應納所得稅總額，最后按本辦法第六條規(guī)定的比例和按第十五條計算的分攤比例，向總機構(gòu)和分支機構(gòu)分攤就地繳納的企業(yè)所得稅款。
?免稅收入
?定期減免稅
?降低稅率
?授權(quán)減免
?加計扣除
?投資抵免
?加速折舊
?減計收入
?稅額抵免
P2009年5月15日
國家稅務總局關于企業(yè)所得稅稅收優(yōu)惠管理問題的補充通知（國稅函[2009]255號）
ü1.列入企業(yè)所得稅優(yōu)惠管理的各類企業(yè)所得稅優(yōu)惠包括免稅收入、定期減免稅、優(yōu)惠稅率、加計扣除、抵扣應納稅所得額、加速折舊、減計收入、稅額抵免和其他專項優(yōu)惠政策。
ü2.除國務院明確的企業(yè)所得稅過渡類優(yōu)惠政策、執(zhí)行新稅法后繼續(xù)保留執(zhí)行的原企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策、新企業(yè)所得稅法第二十九條規(guī)定的民族自治地方企業(yè)減免稅優(yōu)惠政策，以及國務院另行規(guī)定實行審批管理的企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策外，其他各類企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策，均實行備案管理。
ü3.備案管理的具體方式分為事先備案和事后報送相關資料兩種。具體劃分除國家稅務總局確定的外，由各省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市國家稅務局和地方稅務局在協(xié)商一致的基礎上確定。
ü列入事先備案的稅收優(yōu)惠，納稅人應向稅務機關報送相
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