《增值稅暫行條例》第二十一條及《增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定》第十條規(guī)定，增值稅一般納稅人銷售免稅農(nóng)產(chǎn)品，不得開具增值稅專用發(fā)票（法律、法規(guī)及國家稅務總局另有規(guī)定的除外）。這意味著其只能開具普通發(fā)票。其次，納入增值稅防控稅控一機多票系統(tǒng)的一般納稅人，銷售免稅農(nóng)產(chǎn)品開具增值稅普通發(fā)票時，由于免除了銷項稅額，故只能填寫金額欄，不能填寫稅額欄，也就是必須按買價填寫金額欄。不然的話，會誤導購買方直接按增值稅普通發(fā)票上注明的稅額抵扣進項稅額，即按農(nóng)產(chǎn)品含稅買價和13%的扣除率計算抵扣進項稅額，從而少抵扣增值稅。
風險一：一般納稅人銷售免稅農(nóng)產(chǎn)品違反規(guī)定開具增值稅專用發(fā)票的，按照《國家稅務總局關(guān)于加強免征增值稅貨物專用發(fā)票管理的通知》（國稅函[2005]780號）規(guī)定，對其開具的銷售額依照增值稅使用率全額征收增值稅，不得抵扣進項稅額。
風險二：一般納稅人銷售免稅農(nóng)產(chǎn)品違反規(guī)定開具增值稅專用發(fā)票，屬于應當開具而未開具普通發(fā)票，“一機多票”系統(tǒng)的一般納稅人銷售免稅農(nóng)產(chǎn)品開具價稅分離的增值稅普通發(fā)票，屬于未按照規(guī)定的欄目開具發(fā)票，按照《發(fā)票管理辦法》第三十五條的規(guī)定予以處罰，也就是由稅務機關(guān)責令改正，可以處1萬元以下的罰款；有違法所得的予以沒收。
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