《增值稅暫行條例》第二十一條及《增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定》第十條規(guī)定，增值稅一般納稅人銷(xiāo)售免稅農(nóng)產(chǎn)品，不得開(kāi)具增值稅專用發(fā)票（法律、法規(guī)及國(guó)家稅務(wù)總局另有規(guī)定的除外）。這意味著其只能開(kāi)具普通發(fā)票。其次，納入增值稅防控稅控一機(jī)多票系統(tǒng)的一般納稅人，銷(xiāo)售免稅農(nóng)產(chǎn)品開(kāi)具增值稅普通發(fā)票時(shí)，由于免除了銷(xiāo)項(xiàng)稅額，故只能填寫(xiě)金額欄，不能填寫(xiě)稅額欄，也就是必須按買(mǎi)價(jià)填寫(xiě)金額欄。不然的話，會(huì)誤導(dǎo)購(gòu)買(mǎi)方直接按增值稅普通發(fā)票上注明的稅額抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額，即按農(nóng)產(chǎn)品含稅買(mǎi)價(jià)和13%的扣除率計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額，從而少抵扣增值稅。
風(fēng)險(xiǎn)一：一般納稅人銷(xiāo)售免稅農(nóng)產(chǎn)品違反規(guī)定開(kāi)具增值稅專用發(fā)票的，按照《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于加強(qiáng)免征增值稅貨物專用發(fā)票管理的通知》（國(guó)稅函[2005]780號(hào)）規(guī)定，對(duì)其開(kāi)具的銷(xiāo)售額依照增值稅使用率全額征收增值稅，不得抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。
風(fēng)險(xiǎn)二：一般納稅人銷(xiāo)售免稅農(nóng)產(chǎn)品違反規(guī)定開(kāi)具增值稅專用發(fā)票，屬于應(yīng)當(dāng)開(kāi)具而未開(kāi)具普通發(fā)票，“一機(jī)多票”系統(tǒng)的一般納稅人銷(xiāo)售免稅農(nóng)產(chǎn)品開(kāi)具價(jià)稅分離的增值稅普通發(fā)票，屬于未按照規(guī)定的欄目開(kāi)具發(fā)票，按照《發(fā)票管理辦法》第三十五條的規(guī)定予以處罰，也就是由稅務(wù)機(jī)關(guān)責(zé)令改正，可以處1萬(wàn)元以下的罰款；有違法所得的予以沒(méi)收。
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