經(jīng)濟效益審計與財務(wù)審計之間既有同，又有異。它們的相同之處表現(xiàn)在都是對經(jīng)濟活動的合法性、合理性和經(jīng)濟性的監(jiān)督和評價。它們的區(qū)別主要表現(xiàn)在以下幾個方面：
①對象不同。經(jīng)濟效益審計的對象是各種經(jīng)濟資料和有關(guān)的技術(shù)經(jīng)濟資料、經(jīng)營管理活動；而財務(wù)審計的對象僅僅是財會資料和財務(wù)收支活動。
②目的不同。經(jīng)濟效益審計通過審查各種經(jīng)濟資料和技術(shù)經(jīng)濟資料，評價單位的經(jīng)營管理活動是否經(jīng)濟，是否合理，是否有效益，并提出改進意見；而財務(wù)審計則審查財會資料是否真實正確，審計財務(wù)收支是否合理合法。
③職能不同。經(jīng)濟效益審計具有建設(shè)性和防護性職能，以建設(shè)性為主；而財務(wù)審計具有防護性和建設(shè)性職能，以防護性為主。
④依據(jù)的標準不同。經(jīng)濟效益審計的標準是有關(guān)法律、財經(jīng)法規(guī)和制度，以及計劃、目標、定額、技術(shù)經(jīng)濟指標、同行業(yè)同類指標；財務(wù)審計以有關(guān)法律、財經(jīng)法規(guī)和制度為標準。
⑤方法不同。經(jīng)濟效益審計除運用財務(wù)審計方法外，還利用經(jīng)濟數(shù)學(xué)方法和現(xiàn)代管理方法，既進行事后審計，也進行事前審計；財務(wù)審計則通過檢查、調(diào)查和分析等方法，審查會計賬薄和財務(wù)報表，分析財務(wù)指標，以事后審計為主。
由此可見，經(jīng)濟效益審計是財務(wù)審計的深入和發(fā)展。開展經(jīng)濟效益審計往往從財務(wù)審計入手，即從審查資金、成本、利潤的情況入手，然后再深入到全部經(jīng)濟活動和經(jīng)營管理中去。
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