1.循序漸進的原則“費改稅”涉及到沿革多年既得利益格局的調整，改革既要積極。又要穩(wěn)妥，先易后難，重點突破。改革方案要總體設計，復雜問題盡量簡化處理，每一改革項目文件出臺都需經過反復論證，對涉及全局性的改革(如社會保障稅、燃油稅開征等)應在試點的基礎上總結經驗，逐步推行。
2.規(guī)范政府財政分配秩序的原則“費改稅”應根據稅費特征及對收費中規(guī)費、使用費及其他“無序”的費的區(qū)別，按照政府財政資金的需要量全面衡量，征稅與收費不能混淆越位；對于不規(guī)范的制度外收費應予取消，并通過法律規(guī)范政府財政分配秩序，以有效遏制“無序”的亂收費死灰復燃。
3.增加財政收人，兼顧中央與地方政府利益的原則我國目前的財政收入狀況是“兩個比重”偏低：國家財政收入占GDP的比重過低和中央收入占國家財政收入的比重過低。稅費改革是國家扭轉“兩個比重”偏低的重要契機，在稅費改革中一是要通過理順稅費關系，科學劃分中央稅、地方稅、共享稅及確定合理收費的歸屬，確保中央財政收入逐年增長；二是財政轉移支付手段應走出傳統的“既得利益補償”的舊框框，對基層政府由于稅費改革所產生的合理的財政支出的資金缺口，實行自上而下的適度轉移支付補償。
4.減輕費務負擔，便于征管的原則“費改稅”的目的之一就是通過壓縮政府收費規(guī)模，減輕、平衡民眾費務負擔，規(guī)范政府稅費分配。在“費改稅”方案上，一方面力求全國或區(qū)域稅費負擔的公平合理，另一方面新規(guī)定的稅收、收費法規(guī)盡可能做到條文規(guī)定透明度強、征收范圍明確、計算簡便、易于征管。
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