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隨著國家出臺一系列支持農(nóng)業(yè)發(fā)展的優(yōu)惠政策，特別是《農(nóng)民專業(yè)合作社法》頒布實施后，各地農(nóng)企增加了不少。盡管眾多投資人投資農(nóng)企多數(shù)看重的是節(jié)稅這一誘人之處，但并非只要投資農(nóng)企就可享受*5限度的稅收利益，在實際工作中還應(yīng)把握好三“要訣”。
合理確定內(nèi)部單位性質(zhì)在新興的農(nóng)企中，多數(shù)是將農(nóng)產(chǎn)品深加工后再進(jìn)行銷售，這就造成農(nóng)企內(nèi)部出現(xiàn)多個不同單位。要想獲得*5稅收利益，農(nóng)企應(yīng)將這些內(nèi)部單位的性質(zhì)定性為獨立核算的子廠或子公司。
例：A公司是一家涉農(nóng)企業(yè)，內(nèi)部有農(nóng)場和面粉加工廠兩家單位，農(nóng)場主要從事小麥種植，面粉加工廠主要從事小麥加工。2007年A公司實現(xiàn)銷售面粉1000萬元（不含稅價格）。在農(nóng)場與面粉廠均為A公司內(nèi)部單位的情況下，A公司應(yīng)繳稅款為：增值稅=1000×17%=170萬元（進(jìn)項稅額在此忽略）。城建稅和教育費附加=170×（7%+3%）=17萬元。A公司所負(fù)擔(dān)的稅款總計187萬元（其他稅種在此忽略）。
假如農(nóng)場與面粉加工廠分別成立獨立核算的法人，A公司形成集團(tuán)公司。農(nóng)場以市場價格假設(shè)為450萬元，將全部小麥銷售給面粉廠。在此情況下農(nóng)場是自產(chǎn)自銷未經(jīng)過加工的小麥，符合農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者自產(chǎn)自銷農(nóng)業(yè)產(chǎn)品的條件，可享受免稅優(yōu)惠，其應(yīng)納稅款為0.面粉廠在購進(jìn)農(nóng)場小麥時可計提13%的進(jìn)項稅額，面粉廠應(yīng)繳增值稅為：1000×17%－450×13%=111.5萬元。城建稅、教育費附加為：111.5×（7%+3%）=11.15（其他稅種在此忽略）。此種情況下，A公司所負(fù)擔(dān)的稅款總計122.65萬元。與農(nóng)場和面粉廠沒有獨立核算的情況相比，少繳納稅款64.65萬元。
理性選擇采購對象農(nóng)企在選擇采購農(nóng)產(chǎn)品時，多數(shù)人認(rèn)為向一般納稅人采購可取得增值稅專用發(fā)票，能*5限度抵扣稅款。其實自2002年1月1日起，增值稅一般納稅人購進(jìn)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者銷售的免稅農(nóng)業(yè)產(chǎn)品的進(jìn)項稅額扣除率，就由原來的10%提高到13%.因此，農(nóng)企直接選擇向農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)者收購，比向一般納稅人收購得到的稅收利益要大。
例：B公司準(zhǔn)備收購一批玉米，價值10000元。B公司直接向農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)者收購，憑收購憑證得到10000×13%=1300元的增值稅進(jìn)項稅額。若向一般納稅人收購，憑所取得的增值稅專用發(fā)票得到10000÷（1+13%）×13%=1150.44元的增值稅進(jìn)項稅額。（10000元為含稅價格）。
通過對比，發(fā)現(xiàn)同樣花費10000元，B公司在直接向農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)者收購時，可多抵扣近150元的增值稅進(jìn)項稅額。
力爭成為一般納稅人一些剛創(chuàng)立的農(nóng)企為節(jié)省人員工資等管理費用，往往不去申請一般納稅人資格。從表面看，小規(guī)模納稅人比一般納稅人確能節(jié)省很多支出，但在稅負(fù)方面，小規(guī)模納稅人卻要比一般納稅人高出很多。
例：C公司是一家糧油加工企業(yè)，2007年實現(xiàn)銷售收入100萬元。假設(shè)C公司全年實現(xiàn)增值額為10萬元，在小規(guī)模納稅人情況下，全年需負(fù)擔(dān)稅款為100×6%+100×6%×（7%+3%）=6.6萬元（只包括增值稅、城建稅和教育費附加，其他稅種在此忽略）。假如C公司申請辦理一般納稅人資格，那么全年只需負(fù)擔(dān)10×17%+10×17%×（7%+3%）=1.87萬元的稅款。
通過比對，在一般納稅人條件下，C公司要少繳納6.6－1.87=4.73萬元的稅款。
