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以相關成本費用可以扣除。而允許扣除，才能給企業(yè)實質享受到該稅收優(yōu)惠。
新《企業(yè)所得稅法》第二十六條規(guī)定，企業(yè)的下列收入為免稅收入：1、國債利息收入；2、符合條件的居民企業(yè)之間的股息、紅利收入；3、在中國境內設立機構、場所的非居民企業(yè)從居民企業(yè)取得與該機構、場所有實際聯系的股息、紅利收入；4、符合條件的非贏利組織的收入。
以上各項免稅收入對應的費用較少，實務上的最多的是關注其所得稅的會計處理，企業(yè)應該按照《企業(yè)會計準則第18號——所得稅》判斷免稅收入在會計上與稅法上的區(qū)別，才能準確判斷出計稅基礎和賬面價值的金額。
例4、2010年 1月 1日，某公司以 1 000萬元自證券市場購入當日發(fā)行的一項 3年期到期還本付息國債。該國債票面金額為 1 000萬元，票面年利率和實際利率均為 5%。該公司將該國債作為持有至到期投資核算。
2010年末，持有至到期投資賬面價值 = 1 000 ×(1 + 5% ) = 1050（萬元）
2010年末，該持有至到期投資的計稅基礎 =1050（萬元）(因國債利息免稅，未來期間可以在稅前抵扣的金額為1050萬元)，則該項持有至到期投資不產生暫時性差異。
四、關于固定資產投入使用后計稅基礎確定問題
稅務處理：《關于貫徹落實企業(yè)所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函﹝2010﹞79號）規(guī)定：企業(yè)固定資產投入使用后，由于工程款項尚未結清未取得全額發(fā)票的，可暫按合同規(guī)定的金額計入固定資產計稅基礎計提折舊，待發(fā)票取得后進行調整。但該項調整應在固定資產投入使用后12個月內進行。
會計處理：《企業(yè)會計準則第4號——固定資產》應用指南的規(guī)定：已達到預定可使用狀態(tài)但尚未辦理竣工決算的固定資產，應當按照估計價值確定其成本，并計提折舊；待辦理竣工決算后，再按現實成本調整過去的暫估價值，但不需要調整原已計提的折舊額。
即在暫估價與實際取得的發(fā)票金額有出入時，會計上按照“重要性原則”不再進行追溯調整折舊額，只調整資產的入賬價值，而稅法上根據“權責發(fā)生制原則”，要求調整已計提的折舊，并調整相關年度應納稅所得額，并計算補繳或退還企業(yè)所得稅，由此形成的會計與稅法上的永久性差異，按照“調表不調賬”的原則處理。
例5、某企業(yè)建造一項固定資產2009年9月份達到可使用狀態(tài)，但沒有進行竣工結算，估價120萬元，預計使用10年，采用平均年限法計提折舊，2010年3月竣工結算，核定廠房實際成本為144萬元。
2009年9月份暫估入賬：
借：固定資產 120
貸：在建工程 120
9月份不計提折舊，10月份開始計提（假設此固定資產是用于車間）：
借：制造費用1（120萬/12*10）
貸：累計折舊 1
2009年11月、12月以及2010年1月、2月、3月折舊分錄同10月份
2010年3月份確定固定資產價值為144萬
用紅字沖回2009年9月份分錄：
借：固定資產 -120
貸：在建工程 -120
同時做：
借：固定資產 144
貸：在建工程 144
2010年4月份按照144萬的原值計提折舊，之前計提折舊的會計上不做追溯調整
借：制造費用1.2（144萬/12*10）
貸：累計折舊 1.2
財稅差異：稅法上2009年允許稅前扣除的折舊額為3.6萬元，會計上為3萬元，2009年需納稅調減0.6萬元，2009年多交的0.6萬元可抵頂以后年度應繳的所得稅。
五、關于股權轉讓損益確認和計算問題
稅務處理：根據《國家稅務總局對企業(yè)股權投資損失所得稅處理問題的公告》（國家稅務總局公告2010年第6號）規(guī)定：
一、企業(yè)對外進行權益性（以下簡稱股權）投資所發(fā)生的損失，在經確認的損失發(fā)生年度，作為企業(yè)損失在計算企業(yè)應納稅所得額時一次性扣除。
二、本規(guī)定自2010年1月1日起執(zhí)行。本規(guī)定發(fā)布以前，企業(yè)發(fā)生的尚未處理的股權投資損失，按照本規(guī)定，準予在2010年度一次性扣除。
另外，《關于貫徹落實企業(yè)所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函﹝2010﹞79號）規(guī)定：企業(yè)轉讓股權收入，應于轉讓協(xié)議生效、且完成股權變更手續(xù)時，確認收入的實現。轉讓股權收入扣除為取得該股權所發(fā)生的成本后，為股權轉讓所得。企業(yè)在計算股權轉讓所得時，不得扣除被投資企業(yè)未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額。
會計處理：，企業(yè)處置長期股權投資，其賬面價值與實際取得價款的差額，應當計入當期損益。采用權益法核算的長期股權投資，因被投資單位除凈損益以外所有者權益的其他變動而計入所有者權益的，處置該項投資時應當將原計入所有者權益的部分按相應比例轉入當期損益。
例6、甲公司擁有乙公司有表決權股份的30%，對乙公司有重大影響。2009年12月30日，甲公司出售乙公司的全部股權，所得價款2300萬元全部存入銀行。截至2009年12月31日，該項長期股權投資的賬面價值為2 000萬元，其中投資成本為1 500萬元，損益調整為400萬元，所有者權益其他變動為300萬元，長期股權投資減值準備為200萬元。假設不考慮相關稅費。
會計處理如下：
借：銀行存款2300
長期股權投資減值準備200
貸：長期股權投資——乙公司(投資成本)1500
長期股權投資——乙公司(損益調整)400
長期股權投資——乙公司（所有者權益其他變動)300
投資收益300
同時將原計入資本公積準備項目的金額轉入投資收益。
借：資本公積——其他資本公積300
貸：投資收益300
納稅調整：稅法上計算的股權轉讓所得=2300-1500=800（萬元），會計上確認的長期股權投資處置收益=300+300=600（萬元），需納稅調增200萬元。
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