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當納稅人由核定征收轉(zhuǎn)為查賬征收后，為降低風險，減少損失，在年度匯算清繳時應當對核定征收期間結(jié)轉(zhuǎn)過來的成本費用一一進行合法性、真實性、配比性分析，對在核定征收期間虛增或者應轉(zhuǎn)未轉(zhuǎn)、少轉(zhuǎn)的成本費用不能結(jié)轉(zhuǎn)到查賬征收期間扣除。
權(quán)責發(fā)生制和收入與成本費用配比是在查賬征收企業(yè)所得稅（以下簡稱查賬征收）情況下確認收入與成本費用的基本原則，而在按收入總額核定定率和按核定定額征收企業(yè)所得稅（以下統(tǒng)稱核定征收）的情況下，其成本費用支出額、扣除額都是不真實的，因此，當納稅人由核定征收轉(zhuǎn)為查賬征收后，為降低風險，減少損失，在年度匯算清繳時應當對核定征收期間結(jié)轉(zhuǎn)過來的成本費用一一進行合法性、真實性、配比性分析，對在核定征收期間虛增或者應轉(zhuǎn)未轉(zhuǎn)、少轉(zhuǎn)的成本費用不能結(jié)轉(zhuǎn)到查賬征收期間扣除，具體內(nèi)容如下：
1．已列支應扣除未扣除的成本費用不能結(jié)轉(zhuǎn)到查賬征收期間扣除。如在核定征收期間未提足的固定資產(chǎn)、無形資產(chǎn)、生物資產(chǎn)折舊以及商品生產(chǎn)或者購進成本、開辦費、新產(chǎn)品新技術(shù)研究開發(fā)費及其加計扣除部分、待攤費用、廣告和業(yè)務(wù)宣傳費、職工教育經(jīng)費支出等等。
2．虛列的成本費用不能結(jié)轉(zhuǎn)到查賬征收期間扣除。包括無憑證和以非法憑證列支的成本費用，如白條、非法發(fā)票和不符合規(guī)定的發(fā)票、非資產(chǎn)評估機構(gòu)出具的評估報告等等。
3．應列支未列支的期間費用不能結(jié)轉(zhuǎn)到查賬征收期間扣除。包括已開具發(fā)票未列支和實際業(yè)務(wù)已發(fā)生但未開具發(fā)票也未列支兩部分，如：管理費用、銷售費用、財務(wù)費用以及應由已售出貨物或已提折舊負擔的應記入成本的采購費用、運輸費用、維護維修費用等等。
4．遺留事項，包括以下內(nèi)容：
?。?）對外投資應分配未分配的虧損、待處理損失（含2009年以前發(fā)生的尚未處理的權(quán)益性股權(quán)投資損失）。
?。?）未抵免的從其直接或者間接控制（20%以上股份）的外國企業(yè)分得的來源于中國境外的股息、紅利等權(quán)益性投資收益已由外國企業(yè)在境外實際繳納的所得稅稅額中屬于該項所得負擔的部分。
?。?）應繳未繳的基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費、補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費、失業(yè)保險費、工傷保險費、生育保險費等基本社會保險費和住房公積金。
因此，除上述之外，在保證結(jié)轉(zhuǎn)的成本、費用合法、準確、及時，并在核定征收期間已足額扣除的情況下，結(jié)轉(zhuǎn)到查賬征收期的下列成本費用準許在所得稅前扣除：
1．固定資產(chǎn)、無形資產(chǎn)、生物資產(chǎn)折舊。
2．原材料、庫存商品以及在產(chǎn)品成本。
3．超過扣除限額后結(jié)轉(zhuǎn)的職工教育經(jīng)費支出。
4．超過扣除限額后結(jié)轉(zhuǎn)的廣告費和業(yè)務(wù)宣傳費。
5．2008年1月1日前按照原企業(yè)所得稅法規(guī)定計提的各類準備金，轉(zhuǎn)為查賬征收后，未經(jīng)財政部和國家稅務(wù)總局核準的，企業(yè)實際發(fā)生的相應損失，應先沖減各項準備金余額，然后再按稅法規(guī)定記入當年損益。
6．居民企業(yè)來源于中國境外的應稅所得以及非居民企業(yè)在中國境內(nèi)設(shè)立機構(gòu)、場所取得發(fā)生在中國境外但與該機構(gòu)、場所有實際聯(lián)系的應稅所得已在境外繳納的所得稅稅額，已按規(guī)定抵免后需要在以后五個年度內(nèi)用每年度抵免限額抵免當年應抵稅額后的余額抵補且未超過抵免期限應抵免的數(shù)額。
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