對于股權激勵的會計處理問題，財政部在2006年頒布的《企業(yè)會計準則第11號—股份支付》已經進行了規(guī)范。實施股權激勵的上市公司在2006年后都按照11號準則進行了會計處理。但是，對于股權激勵的企業(yè)所得稅處理問題，國家稅務總局一直沒有明確的規(guī)定。實際上，缺少對股權激勵企業(yè)所得稅處理的明確規(guī)定，上市公司對于股權激勵的會計處理也是不完整的。會計和稅法上對于股權激勵的處理差異，會導致所得稅會計的處理問題。
　　由于稅收政策上對于股權激勵的處理規(guī)定一直不明確，上市公司無法對于股權激勵無法按照《企業(yè)會計準則第18號—所得稅》規(guī)定的原則進行所得稅會計處理，從而導致披露的報表并不準確。
　　2012年5月23日，國家稅務總局發(fā)布了《國家稅務總局關于我國居民企業(yè)實行股權激勵計劃有關企業(yè)所得稅處理問題的公告》 國家稅務總局公告2012年第18號），明確了我國對于股權激勵企業(yè)所得稅的處理原則。該公告規(guī)定：上市公司依照《管理辦法》要求建立職工股權激勵計劃，并按我國企業(yè)會計準則的有關規(guī)定，在股權激勵計劃授予激勵對象時，按照該股票的公允價格及數量，計算確定作為上市公司相關年度的成本或費用，作為換取激勵對象提供服務的對價。
 
　　上述企業(yè)建立的職工股權激勵計劃，其企業(yè)所得稅的處理，按以下規(guī)定執(zhí)行：
　?。ㄒ唬蓹嗉钣媱潓嵭泻罅⒓纯梢孕袡嗟模鲜泄究梢愿鶕嶋H行權時該股票的公允價格與激勵對象實際行權支付價格的差額和數量，計算確定作為當年上市公司工資薪金支出，依照稅法規(guī)定進行稅前扣除。
 
　?。ǘ蓹嗉钣媱潓嵭泻螅璐欢ǚ漳晗藁蛘哌_到規(guī)定業(yè)績條件（以下簡稱等待期）方可行權的。上市公司等待期內會計上計算確認的相關成本費用，不得在對應年度計算繳納企業(yè)所得稅時扣除。在股權激勵計劃可行權后，上市公司方可根據該股票實際行權時的公允價格與當年激勵對象實際行權支付價格的差額及數量，計算確定作為當年上市公司工資薪金支出，依照稅法規(guī)定進行稅前扣除。
 
　　（三）本條所指股票實際行權時的公允價格，以實際行權日該股票的收盤價格確定。
　　對照國家稅務總局18號公告和《企業(yè)會計準則第11號—股份支付》，我們可以看出，稅法和會計對于股權激勵的處理存在著明顯的差異：
　　根據《企業(yè)會計準則第11號—股份支付》的規(guī)定：除了立即可行權的股份支付外，無論權益結算的股份支付還是現金結算的股份支付，企業(yè)在授予日均不做會計處理。企業(yè)應當在等待期內的每個資產負債表日，將取得職工或其他方提供的服務計入成本費用，同時確認所有者權益或負債。對于附有市場條件的股份支付，只要職工滿足了其他所有非市場條件，企業(yè)就應當確認已經取得的服務。
　　根據國家稅務總局18號公告的規(guī)定，對于股權激勵，在稅收處理上，上市公司等待期內會計上計算確認的相關成本費用，在當期不能在計算企業(yè)所得稅應納稅所得額是進行扣除。實施股權激勵的企業(yè)，只有在股權激勵計劃可行權后，按照該股票實際行權時的公允價格（一般是實際行權日該股票收盤價）與當年激勵對象實際行權支付價格的差額及數量，計算確定作為當年上市公司工資薪金支出，依照稅法規(guī)定進行稅前扣除。
　　無論是在股權激勵成本費用金額的確認上還是在扣除時點的確定上，會計和稅法都存在明顯的差異。由此，導致了企業(yè)需要根據《企業(yè)會計準則第18號—所得稅》規(guī)定的原則進行所得稅會計處理。
　　對于股權激勵的所得稅會計處理問題，財政部在《企業(yè)會計準則講解（2010）》中說的比較簡略。對于“與股份支付相關的當期及遞延所得稅”的問題，該書規(guī)定：“與股份支付相關的支出在按照會計準則規(guī)定確認為成本時，其相關的所得稅影響應區(qū)別于稅法的規(guī)定進行處理。
　　如果稅法規(guī)定與股份支付相關的支出不允許稅前扣除，則不形成暫時性差異；如果稅法規(guī)定與股份支付相關的支出允許稅前扣除，在按照會計準則規(guī)定確認成本費用的期間，企業(yè)應當根據會計期末取得的信息估計可稅前扣除的金額計算確定其計稅基礎及由此產生的暫時性差異，符合確認條件的情況下應當確認相關的遞延所得稅。其中預計未來期間可稅前扣除的金額超過按照會計準則規(guī)定確認的與股份支付相關的成本費用，超過部分的所得稅影響應直接計入所有者權益。“
　　《企業(yè)會計準則講解（2010）》在總局18號公告之前出版，當時對于股權激勵的企業(yè)所得稅處理還不明確。目前，根據總局18號公告的規(guī)定，稅法上允許額企業(yè)扣除與股份支付相關的成本費用。因此，在所得稅會計上，企業(yè)應按規(guī)定進行遞延所得稅的處理。但是，《企業(yè)會計準則講解（2010）》規(guī)定比較原則，其中企業(yè)如何根據會計期末取得的信息估計可稅前扣除的金額計算確定其計稅基礎及由此產生的暫時性差異是整個問題的核心。
　　期權的價值=時間價值（time value）+內在價值（intrinsic value）
　　企業(yè)根據《企業(yè)會計準則第11號—股份支付》規(guī)定，在等待期內每個資產負債表日確認為成本費用的金額是根據期權的價值來計算的（對于權益結算的股份支付，是根據授予日權益工具的公允價值計算，并不確認后續(xù)公允價值的變動。對于現金結算的股份支付，應當按照每個資產負債表日權益工具的公允價值計量），其中既包括時間價值也包括內在價值。
　　而根據總局18號公告的規(guī)定，最終企業(yè)可以在企業(yè)所得稅前扣除的費用只是該股票實際行權時的公允價格（一般是實際行權日該股票收盤價）與當年激勵對象實際行權支付價格的差額，這部分差額實際上是期權的內在價值。因此，企業(yè)所得稅上只允許扣除期權的內在價值，不允許扣除期權的時間價值。因此，時間價值不形成暫時性差異，不需要進行所得稅會計處理。而內在價值的變動則形成暫時性差異，需要我們按照《企業(yè)會計準則第18號—所得稅》規(guī)定的原則進行所得稅會計處理。