在ETF的申購過程中，投資者是用一籃子股票來申購基金，投資者把足額的股票給基金公司，基金公司把足額的基金份額給投資者，是一個非常簡單的等價交換原理，對單市場ETF來說操作起來并不難。但是在跨市場ETF中因為指數(shù)成份橫跨滬深兩市，就遇到了問題。
以滬深300ETF為例，在實時申購時，在上交所上市的滬深300ETF只能看到上交所的股票是否足額，卻無法看到深交所的，在深交所上市的滬深300ETF只能看到深交所的股票是否足額，卻無法看到上交所的。所以為了解決這個問題，采取了一些替代方法，如將占滬深300指數(shù)權(quán)重25%的深市股票采用現(xiàn)金替代。