全面預算管理涉及到企業(yè)全面的業(yè)務邏輯，包括銷售、生產(chǎn)、采購、財務、費用分攤、成本計算等方方面面。而且企業(yè)業(yè)務邏輯經(jīng)常變化，并隨著企業(yè)的管理水平不斷精細化，使其成為預算管理的難點之一。
這就要求信息系統(tǒng)要能夠靈活的建立企業(yè)復雜的業(yè)務、財務模型，同時信息系統(tǒng)建立的預算模型要能夠適應不斷變化的管理需求和業(yè)務邏輯，系統(tǒng)的模型能夠隨著企業(yè)的管理水平不斷精細化。
全面預算要求各業(yè)務單元廣泛參與，各單元的業(yè)務分工不同，各自處理相應的數(shù)據(jù)。這要求信息系統(tǒng)要具有完善權(quán)限管理功能，能夠設(shè)定數(shù)據(jù)權(quán)限（單元格級），以保證企業(yè)的數(shù)據(jù)安全。
同時，預算的組織協(xié)調(diào)難度很大，數(shù)據(jù)審核、匯總的工作量大。這要求信息系統(tǒng)要能夠提供預算管理的流程支持，要支持自動的數(shù)據(jù)分發(fā)、匯總，提供預算流程管理的效率。
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