(一)聯(lián)網(wǎng)系統(tǒng)參與主體不全，增加了賬務處理難度，制約了信息資源的共享利用。目前運行的部分稅庫銀聯(lián)網(wǎng)系統(tǒng)只有國稅、國庫、銀行三個參與主體，財政、地稅等征稅主體還沒有參與其中。在這種情況下，一方面，對國庫部門來說．國稅預算收人信息可以通過聯(lián)網(wǎng)系統(tǒng)采集數(shù)據(jù)．而地稅、財政部門的預算收人和預算支出信息只能通過票據(jù)交換提供紙質(zhì)憑證，逐筆錄人到國庫核算系統(tǒng)，以辦理預算資金的收人和支出，使國庫部門的業(yè)務核算既需要從聯(lián)網(wǎng)系統(tǒng)采集數(shù)據(jù)，又需要手工錄人稅收繳款書、撥款憑證等紙質(zhì)憑證。賬務處理繁瑣，容易發(fā)生差錯；另一方面．聯(lián)網(wǎng)系統(tǒng)的信息資源難以健全，影響了有關(guān)部門對經(jīng)濟信息數(shù)據(jù)的采集和利用。
(二)聯(lián)網(wǎng)系統(tǒng)多部門分別開發(fā)，數(shù)據(jù)對接難以協(xié)調(diào)。目前稅庫銀聯(lián)網(wǎng)系統(tǒng)主要由國稅子系統(tǒng)、國庫子系統(tǒng)、通訊子系統(tǒng)以及銀行業(yè)務處理系統(tǒng)組成。各子系統(tǒng)分別由不同部門開發(fā)，銀行業(yè)務處理系統(tǒng)也是由各銀行自行設(shè)計開發(fā)，開發(fā)流程和系統(tǒng)接口各不相同，各系統(tǒng)之間數(shù)據(jù)對接不夠協(xié)調(diào)．增加了業(yè)務處理難度和環(huán)節(jié)。如聯(lián)網(wǎng)系統(tǒng)根據(jù)業(yè)務核算需要設(shè)置了更正處理功能，但國庫部門業(yè)務核算系統(tǒng)缺少更正業(yè)務數(shù)據(jù)接口，辦理稅收更正業(yè)務需要稅務部門提供更正通知書等相關(guān)資料，先手工錄人到國庫業(yè)務核算系統(tǒng)．再將更正信息通過稅庫銀聯(lián)網(wǎng)系統(tǒng)返還到稅務部門，人為增加了業(yè)務環(huán)節(jié)。
(三)聯(lián)網(wǎng)系統(tǒng)的部分功能不夠完善，亟待進一步改進。如聯(lián)網(wǎng)系統(tǒng)不能對“一票多稅” 情況進行識別，若稅務部門在一張稅票上錄人多個稅種．則聯(lián)網(wǎng)系統(tǒng)在進行稅款銷號人庫時，不能進行有效識別，而是將合計金額全部歸計到一個稅種中，造成國庫人庫金額與國稅部門征收金額按預算科目核算數(shù)據(jù)不一致。
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