（1） 中小企業(yè)會計(jì)信息質(zhì)量不高，會計(jì)人員核算水平不高，納稅依據(jù)虛假
中小企業(yè)的財(cái)務(wù)人員稅收籌劃資質(zhì)不足，業(yè)務(wù)素質(zhì)低和財(cái)務(wù)系統(tǒng)化核算能力欠缺，不能及時(shí)準(zhǔn)確進(jìn)行稅收籌劃，導(dǎo)致納稅申報(bào)失真等現(xiàn)象嚴(yán)重。納稅人通過玩弄數(shù)字游戲，刻意地虛報(bào)少報(bào)收入，不切實(shí)際的攤銷費(fèi)用，增加支出等方法，掩蓋財(cái)務(wù)信息的真實(shí)性，以求少繳納稅收。企業(yè)在沒有真正解決相關(guān)人員就業(yè)的情況下，盲目地利用稅收優(yōu)惠政策進(jìn)行少繳稅等。
（2） 忽視合理避稅的風(fēng)險(xiǎn)管理，增加稅務(wù)成本
隨著宏觀經(jīng)濟(jì)環(huán)境的不斷變化，而合理避稅又發(fā)生在應(yīng)稅行為之前，這給中小企業(yè)帶來諸多不確定的因素，使納稅籌劃變得尤為棘手，處理不當(dāng)，會沖擊企業(yè)的生產(chǎn)經(jīng)營活動(dòng)，給企業(yè)造成不利的影響。像納稅相關(guān)政策重點(diǎn)調(diào)整，給中小企業(yè)的稅收籌劃帶來隱患；加上納稅人對稅收政策的了解不透徹理解不準(zhǔn)確、不全面，和未樹立合理避稅中的風(fēng)險(xiǎn)管理意識，也會影響中小企業(yè)合理避稅的有效性，不自覺的增加了稅務(wù)成本。
（3） 片面追求短期利益，忽視企業(yè)的長遠(yuǎn)利益
短期利益是長期利益的前提條件，長期利益是短期利益的有機(jī)結(jié)合，也是實(shí)現(xiàn)預(yù)期短期利益的依托，更是短期利益的長期目標(biāo)。中小企業(yè)應(yīng)該兼顧短期利益和長期利益的取舍。短期利益相當(dāng)于企業(yè)的品質(zhì)，長期利益就相當(dāng)于企業(yè)的品牌。我國企業(yè)引入合理避稅時(shí)間較短，較之于西方國家稅務(wù)意識相對薄弱。尤其是中小企業(yè)更加明顯，往往不是特別重視法律政策，對合理避稅的實(shí)質(zhì)不透徹，片面的追求企業(yè)當(dāng)前利益，忽視企業(yè)的長遠(yuǎn)利益，使得合理避稅在企業(yè)納稅中出現(xiàn)瓶頸問題，停滯不前。
（4）稅務(wù)代理機(jī)構(gòu)不完善，遲滯稅務(wù)籌劃的發(fā)展
稅務(wù)代理機(jī)構(gòu)一般規(guī)模小。由于稅務(wù)代理起步較晚，缺乏稅務(wù)籌劃師、稅務(wù)精算師等，中小企業(yè)的納稅籌劃多是由財(cái)務(wù)人員兼辦，綜合素質(zhì)達(dá)不到稅務(wù)籌劃的要求，稅務(wù)代理機(jī)構(gòu)從業(yè)人員整體素質(zhì)有待提高，、稅務(wù)代理機(jī)構(gòu)市場大，但是自身的業(yè)務(wù)領(lǐng)域狹小，服務(wù)層次低，效率低，很難真正滿足市場的需要。延緩了中小企業(yè)合理避稅專業(yè)化的進(jìn)程。
我國《稅收征收管理法》確立了稅務(wù)代理的合法性，同時(shí)確立了稅務(wù)代理的法律規(guī)范和操作辦法，但是具有權(quán)威性、完整性和嚴(yán)肅性的稅務(wù)代理法尚未出臺，如何開展稅務(wù)代理，在具體實(shí)行上，各地沒有統(tǒng)一的模式，都處于試行狀態(tài)。給稅務(wù)代理業(yè)的可持續(xù)發(fā)展帶來不良影響。
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