新申報表將原納稅調(diào)整表中的職工薪酬等項目單獨出來，并增加了股權(quán)激勵、細化了職工教育經(jīng)費等內(nèi)容。納稅調(diào)整項目是稅務(wù)機關(guān)進行所得稅后續(xù)管理的重點內(nèi)容，填報內(nèi)容的調(diào)整，無疑增加的企業(yè)的涉稅風險。此外，職工薪酬表也與個人所得稅有密切的聯(lián)系，填列該表時企業(yè)亦須注意和個人所得稅申報表之間的勾稽關(guān)系。對于具體項目的具體處理，企業(yè)應(yīng)根據(jù)當?shù)匾?guī)定進行納稅處理和申報。
　　工資薪金支出
　　稅法規(guī)定，企業(yè)發(fā)生的合理的工資薪金支出準予稅前扣除。其中的“合理工資薪金”，是指企業(yè)按照股東大會、董事會、薪酬委員會或相關(guān)管理機構(gòu)制訂的工資薪金制度規(guī)定實際發(fā)放給員工的工資薪金。稅務(wù)機關(guān)在對工資薪金進行合理性確認時，可按以下原則掌握：
　　(一)企業(yè)制訂了較為規(guī)范的員工工資薪金制度;
　　(二)企業(yè)所制訂的工資薪金制度符合行業(yè)及地區(qū)水平;
　　(三)企業(yè)在一定時期所發(fā)放的工資薪金是相對固定的，工資薪金的調(diào)整是有序進行的;
　　(四)企業(yè)對實際發(fā)放的工資薪金，已依法履行了代扣代繳個人所得稅義務(wù);
　　(五)有關(guān)工資薪金的安排，不以減少或逃避稅款為目的。
　　實務(wù)中，部分地區(qū)可能針對上述原則制定量化的標準，但這種做法存在爭議。
　　除了國有性質(zhì)的企業(yè)，其工資薪金不得超過政府有關(guān)部門給予的限定數(shù)額外，其他企業(yè)發(fā)放工資的多少應(yīng)屬于市場行為，稅法不應(yīng)過多的干預(yù)。但由于缺乏明確的量化標準，使得企業(yè)存在避稅的空間。
　　由于大部分企業(yè)的工資制度都是當月計提下月發(fā)放，對于12月份的工資一般在下一年度發(fā)放，對于這部分工資是否可以稅前扣除，各地規(guī)定不一。大部分地方采取的做法是在當年匯算清繳期內(nèi)或者下一年1月份發(fā)放即可稅前扣除，但也有地方規(guī)定，當年不發(fā)放的即不得稅前扣除，比如新疆。
　　部分地區(qū)將工資薪金支出稅前扣除和個人所得稅聯(lián)系起來，如青島地稅規(guī)定，如企業(yè)沒有代扣代繳個人所得稅，則相應(yīng)的工資薪金不得稅前扣除。
　　還有地區(qū)規(guī)定，工資薪金的扣除要求用工企業(yè)依法與勞動者簽訂《勞動合同》并網(wǎng)上備案。如青島國稅在業(yè)務(wù)問答中明確，除返聘退休人員、建筑企業(yè)雇傭農(nóng)民工、雇傭勞務(wù)派遣人員等7種特殊情形外，用工企業(yè)依法與勞動者簽訂《勞動合同》，并通過人力資源社會保障勞動關(guān)系網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)網(wǎng)上備案，其實際支付的工資薪金方可稅前扣除。
　　對于大型企業(yè)集團內(nèi)部人員流動產(chǎn)生的工資在哪方扣除問題，各地規(guī)定亦有區(qū)別。
　　此外，企業(yè)因雇用季節(jié)工、臨時工、實習生、返聘離退休人員以及接受外部勞務(wù)派遣用工所實際發(fā)生的費用，應(yīng)區(qū)分為工資薪金支出和職工福利費支出，并按《企業(yè)所得稅法》規(guī)定在企業(yè)所得稅前扣除。其中屬于工資薪金支出的，準予計入企業(yè)工資薪金總額的基數(shù)，作為計算其他各項相關(guān)費用扣除的依據(jù)。
　　股權(quán)激勵
　　國家稅務(wù)總局公告2012年第18號中規(guī)定的股權(quán)激勵，是指《上市公司股權(quán)激勵管理辦法(試行)》中規(guī)定的上市公司以本公司股票為標的，對相關(guān)人員進行的長期性激勵。在我國境外上市的居民企業(yè)和非上市公司，凡比照《上市公司股權(quán)激勵管理辦法(試行)》的規(guī)定建立職工股權(quán)激勵計劃，且在企業(yè)會計處理上，也按我國會計準則的有關(guān)規(guī)定處理的，其股權(quán)激勵計劃有關(guān)企業(yè)所得稅處理問題，可以按照18號公告執(zhí)行。企業(yè)應(yīng)關(guān)注稅前扣除時點的規(guī)定，即實際行權(quán)時方可稅前扣除。對于18號公告之外的股權(quán)激勵的企業(yè)所得稅處理，建議參考相關(guān)會計規(guī)定，如《企業(yè)會計準則第11號―股份支付》、《企業(yè)會計準則解釋第4號》(財會[2010]15號)等。
　　對于股權(quán)激勵的個人所得稅規(guī)定，主要涉及授予時、行權(quán)時和行權(quán)后三個時點，具體處理參見《關(guān)于個人股票期權(quán)所得征收個人所得稅問題的通知》(財稅[2005]35號)、《關(guān)于個人股票期權(quán)所得繳納個人所得稅有關(guān)問題的補充通知》(國稅函[2006]902號)、《關(guān)于股票增值權(quán)所得和限制性股票所得征收個人所得稅有關(guān)問題的通知》(財稅[2009]5號)和《關(guān)于上市公司高管人員股票期權(quán)所得繳納個人所得稅有關(guān)問題的通知》(財稅[2009]40號)。
　　職工福利費支出
　　與將工資薪金錯計入福利費相比，稅務(wù)機關(guān)更關(guān)注將福利費錯計入工資薪金的情況。國稅函[2009]3號與財企[2009]242號對相關(guān)項目不同的認定加大了企業(yè)的稅務(wù)風險。企業(yè)應(yīng)按照國稅函[2009]3號的規(guī)定進行納稅申報。
　　對于有些項目除了正確分類外，還涉及能不能稅前扣除的問題，比如職工旅游費，不同地區(qū)做出了截然相反的規(guī)定。
　　值得注意的是，職工福利費是企業(yè)個人所得稅處理時容易忽視的問題，從職工福利費中支付給單位職工的人人有份的補貼補助應(yīng)并入納稅人的工資薪金收入計征個人所得稅。
　　職工教育經(jīng)費支出
　　為鼓勵企業(yè)創(chuàng)新，針對不同企業(yè)的職工教育經(jīng)費支出，稅法規(guī)定了不同的比例。一般企業(yè)比例為2.5%，經(jīng)認定的技術(shù)先進型服務(wù)企業(yè)和中關(guān)村、東湖、張江三個國家自主創(chuàng)新示范區(qū)、合蕪蚌自主創(chuàng)新綜合試驗區(qū)內(nèi)的高新技術(shù)企業(yè)比例為8%。
　　對于集成電路設(shè)計企業(yè)和符合條件軟件企業(yè)，職工教育經(jīng)費中單獨進行核算職工培訓費用，可按實際發(fā)生額在計算應(yīng)納稅所得額時扣除，其余部分按2.5%的比例處理。
　　對于職工教育經(jīng)費的管理，應(yīng)按《關(guān)于企業(yè)職工教育經(jīng)費提取與使用管理的意見》(財建[2006]317號)的規(guī)定處理。
　　工會經(jīng)費支出
　　工會經(jīng)費的所得稅處理除需符合規(guī)定比例外，還需取得財政部統(tǒng)一印制并套印財政部票據(jù)監(jiān)制章的《工會經(jīng)費收入專用收據(jù)》或者代收機關(guān)開具的工會經(jīng)費代收憑據(jù)。
　　工會經(jīng)費應(yīng)按照《中華全國總工會關(guān)于加強基層工會經(jīng)費收支管理的通知》(總工辦發(fā)[2014]23號)等規(guī)定進行管理。對于工資總額和福利費受限的企業(yè)，可能通過工會經(jīng)費發(fā)放相關(guān)補貼補助，對于該部分人人有份的補貼補助需并入納稅人的工資薪金收入計征個人所得稅。
　　各類基本社會保障性繳款和住房公積金
　　依照國務(wù)院有關(guān)主管部門或者省級人民政府規(guī)定的范圍和標準繳納的社會保險費和住房公積金可以在企業(yè)所得稅前扣除，超過部分不得扣除。涉及的個人所得稅處理按《關(guān)于基本養(yǎng)老保險費基本醫(yī)療保險費失業(yè)保險費住房公積金有關(guān)個人所得稅政策的通知》(財稅[2006]10號)等規(guī)定處理。
　　補充養(yǎng)老保險和補充醫(yī)療保險
　　根據(jù)規(guī)定，自2008年1月1日起，企業(yè)根據(jù)國家有關(guān)政策規(guī)定，為在本企業(yè)任職或者受雇的全體員工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內(nèi)的部分，在計算應(yīng)納稅所得額時準予扣除;超過的部分，不予扣除。此處應(yīng)注意參保對象應(yīng)為全體員工，僅針對部分高管人員的不在此列。
　　對于補充養(yǎng)老保險的個人所得稅事項按《關(guān)于企業(yè)年金職業(yè)年金個人所得稅有關(guān)問題的通知》(財稅[2013]103號)和《關(guān)于做好企業(yè)年金職業(yè)年金個人所得稅征收管理工作的通知》(稅總發(fā)[2013]143號)處理。
　　對于補充醫(yī)療保險，各地社保主管部門管理方式不一，如天津要求凡參加當?shù)鼗踞t(yī)療保險并按時足額繳納基本醫(yī)療保險費的企業(yè)，都應(yīng)建立補充醫(yī)療保險，而北京要求參加了當?shù)鼗踞t(yī)療保險的企業(yè)可以為本單位職工和退休人員建立補充醫(yī)療保險。由于不屬于個人所得稅免稅范圍，企業(yè)為職工繳付的補充醫(yī)療保險應(yīng)扣繳個人所得稅。