2008年4月，科技部、財政部和國家稅務總局聯(lián)合發(fā)布《高新技術企業(yè)認定管理辦法》，對依法享受稅收優(yōu)惠的高新技術企業(yè)認定條件作出了明確界定。2008年7月，科技部、財政部、國家稅務總局聯(lián)合發(fā)布了《高新技術企業(yè)認定管理工作指引》（國科發(fā)火[2008]362號），至此，作為《企業(yè)所得稅法》配套文件的《高新技術認定管理辦法》、《國家重點支持的高新技術領域》、《高新企業(yè)認定管理工作指引》已全部出臺，高新技術企業(yè)認定工作正式啟動。
　　結合這兩個文件規(guī)定，我們認為，企業(yè)在進行高新技術企業(yè)認定過程中，應重點關注以下幾點：
　　重新認定方能享受優(yōu)惠
　　《指引》規(guī)定，2007年底前國家高新技術產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)（包括北京市新技術產(chǎn)業(yè)開發(fā)試驗區(qū)）內、外已按原認定辦法認定的仍在有效期內的高新技術企業(yè)資格依然有效，但在按《認定辦法》和《工作指引》重新認定合格后方可依照《企業(yè)所得稅法》及其實施條例等有關規(guī)定享受企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策。企業(yè)亦可在資格到期后申請重新認定，但在重新認定期間只能執(zhí)行25%稅率。
　　根據(jù)《國務院關于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策的通知》（國發(fā)[2007]39號）規(guī)定，2008年1月1日起，2007年3月16日以前經(jīng)工商等登記管理機關登記設立的企業(yè)，原享受企業(yè)所得稅“兩免三減半”、“五免五減半”等定期減免稅優(yōu)惠的企業(yè)，可以享受過渡優(yōu)惠政策，即繼續(xù)按原稅收法律、行政法規(guī)及相關文件規(guī)定的優(yōu)惠辦法及年限享受至期滿為止，但因未獲利而尚未享受稅收優(yōu)惠的，其優(yōu)惠期限從2008年度起計算。
　　例如，2006年設立在北京新技術產(chǎn)業(yè)開發(fā)試驗區(qū)的某企業(yè)，如果其在2007年底前已經(jīng)取得新技術企業(yè)資格，并且該資格在過渡期內始終有效。企業(yè)在過渡期內是否須要重新認定方可繼續(xù)享受過渡優(yōu)惠，目前有兩種觀點：
　　一種觀點認為，該企業(yè)的高新資格在過渡期內有效，國發(fā)[2007]39號文規(guī)定，該企業(yè)可享受稅收優(yōu)惠至過渡期滿，不需要重新認定。如果企業(yè)在原新技術企業(yè)資格期滿之后未能重新獲得高新資格認定，那么即使在過渡期內，該企業(yè)也應適用25%的企業(yè)所得稅稅率。
　　另一種觀點認為，即使企業(yè)在過渡期內仍處于39號文所說的減免稅期及同時也在原有高新企業(yè)資格有效期內，也應及時辦理重新認定后方能繼續(xù)享受39號文中所說的減免稅優(yōu)惠政策。
　　我們更傾向于第二觀點。
　　企業(yè)過渡期內的各項指標符合《認定辦法》規(guī)定的標準是企業(yè)繼續(xù)享受過渡期優(yōu)惠政策的前提，即企業(yè)在過渡期內仍處于39號文所說的減免稅期及同時也在原有高新企業(yè)資格有效期內，也應及時辦理重新認定后方能繼續(xù)享受39號文所說的減免稅優(yōu)惠政策。在《指引》的前言中也已經(jīng)強調，“2007年底前國家高新技術產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)內、外已按原認定辦法認定的仍在有效期內的高新技術企業(yè)資格依然有效，但在按《認定辦法》和《工作指引》重新認定合格后方可依照《企業(yè)所得稅法》及其實施條例等有關規(guī)定享受企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策。”企業(yè)如何理解和操作，還需等待總局相關文件明確。
　　納稅年度界定必須明確
　　國發(fā)[2007]40號規(guī)定，2008年1月1日（含）之后完成登記注冊在深圳、珠海、汕頭、廈門和海南經(jīng)濟特區(qū)上海浦東新區(qū)內在的國家需要重點扶持的高新技術企業(yè)，在經(jīng)濟特區(qū)和上海浦東新區(qū)內取得的所得，自取得*9筆生產(chǎn)經(jīng)營收入所屬納稅年度起，可享受二免三減半（25%的減半）的優(yōu)惠稅率的優(yōu)惠政策。
　　目前的問題是，由于〈辦法〉規(guī)定高新技術企業(yè)為在中國境內（不包括港、澳、臺地區(qū)）注冊一年以上的居民企業(yè)，因此，如果企業(yè)在2008年取得*9筆收入，由于其成立未滿一年，2008年無法認定為高新企業(yè)，若2009年被認定為高新企業(yè)，但企業(yè)也只能在2009年享受最后一年的免稅政策。
　　關注核心自主知識產(chǎn)權
　　根據(jù)國家知識產(chǎn)權局在2006年統(tǒng)計數(shù)據(jù)顯示，我國99%的企業(yè)沒有申請知識產(chǎn)權，申請了知識產(chǎn)權的企業(yè)只有0.17%有發(fā)明專利。因此，中國目前很多企業(yè)并不擁有核心自主知識產(chǎn)權。辦法規(guī)定，企業(yè)與他人簽訂5年以上的在全球范圍內獨占該項許可權利的方式取得知識產(chǎn)權的獨占許可，可以達到認定需要的條件。值得注意的是，由于代表企業(yè)核心競爭力的核心技術和發(fā)明專利幾乎被國外企業(yè)壟斷，申請者要取得全球范圍內的獨占許可權當前具有一定的困難，一些此前打擦邊球的企業(yè)將失去高新技術企業(yè)的資格。
　　需要注意的是，企業(yè)擁有自主知識產(chǎn)權，是以取得版權或者著作權證書為準。而且“近三年”是指申報當年以前的連續(xù)三年（不含申報當年）用于的知識產(chǎn)權，即2008年申請的企業(yè)知識產(chǎn)權必須是2005、2006、2007年取得的，2008年取得的證書不計算在內，而只能等到2009年申請時計入。
　　注重研發(fā)費用規(guī)劃使用
　　《辦法》和《指引》對符合條件的研究開發(fā)費用范圍進行了界定與列舉。企業(yè)應按照財企[2007]194號《關于企業(yè)加強研發(fā)費用財務管理的若干意見》規(guī)定進行研發(fā)費用的歸集，同時按照辦法及指引中所確定的研發(fā)費用的硬性指標，做好研發(fā)費用的預算和規(guī)劃。根據(jù)上述規(guī)定，我們認為，企業(yè)有必要建立一個完善的會計核算體系或者改進現(xiàn)有的會計核算系統(tǒng)，以便能夠準確記錄并按項目、類型對研發(fā)費用進行歸集，以符合辦法和《指引》的要求。另外，今后研發(fā)費的歸集*4單獨設立科目，便于將來審計。
　　指引中明確了以下3類工作人員屬于符合要求的研發(fā)人員：研究人員、技術人員以及輔助人員。除了辦法所規(guī)定的研發(fā)人員占企業(yè)當年職工總數(shù)要達到一定比例外。指引還強調，研發(fā)人員應是與企業(yè)簽訂了勞動合同并累計實際工作時間在183天以上的人員。
　　須要注意的是，企業(yè)的人員測算可以參考人事統(tǒng)計的方法，由企業(yè)自己填報。建議企業(yè)加強在人力資源方面的管理，因為工作內容描述、考勤表以及年度績效考核、勞動合同等資料，是申請高新技術企業(yè)資格時證明符合研發(fā)人員要求的強有力的支持材料，企業(yè)的人力資源部門應當可以提供這樣的信息記錄。