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所得稅政策問題的通知》（財稅〔2008〕151號）、《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于全國社會保障基金有關(guān)企業(yè)所得稅問題的通知》（財稅〔2008〕136號）、《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于專項用途財政性資金有關(guān)企業(yè)所得稅處理問題的通知》（財稅〔2009〕87號）的下發(fā)，特別是87號文件使得2008-2010年期間，大量企業(yè)取得的財政性資金被判定為不征稅收入，其納稅申報如何處理，一直未被明確，例如：河南省地稅局就規(guī)定，2009年度匯算清繳，事業(yè)單位、社會團體、民辦非企業(yè)單位以外的企業(yè)取得的不征稅收入暫填寫在附表三納稅調(diào)整項目明細(xì)表第19行，并附說明。
通知明確了企業(yè)取得的不征稅收入的填報方法，即：企業(yè)符合上述文件規(guī)定的不征稅收入，填報企業(yè)所得稅年度納稅申報表附表三“納稅調(diào)整明細(xì)表”“一、收入類調(diào)整項目”第14行“13、不征稅收入”對應(yīng)列次。上述不征稅收入用于支出形成的費用和資產(chǎn)，不得稅前扣除或折舊、攤銷，作相應(yīng)納稅調(diào)整。其中，用于支出形成的費用，填報該表第38行“不征稅收入用于所支出形成的費用；其用于支出形成的資產(chǎn)，填報該表第41行項目下對應(yīng)行次。
（四）免稅收入的填報口徑。
《企業(yè)所得稅法》第二十六條規(guī)定了四類免稅收入，一般認(rèn)為在法律未授權(quán)的情況下，無論是國務(wù)院還是財政部、國家稅務(wù)總局都是無權(quán)再設(shè)定免稅收入的。但是，出于社會宏觀調(diào)控的特殊目的，財政部和國家稅務(wù)總局在未被明確授權(quán)的情況下，出臺了《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于期貨投資者保障基金有關(guān)稅收問題的通知》（財稅〔2009〕68號），對期貨保障基金公司取得的相關(guān)收入也確認(rèn)為免稅收入。
通知規(guī)定，該項免稅收入填報在企業(yè)所得稅年度納稅申報表附表五“稅收優(yōu)惠明細(xì)表”“一、免稅收入”第5行“4、其他”。
?。ㄎ澹┩顿Y損失扣除填報口徑。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于做好2007年度企業(yè)所得稅匯算清繳工作的補充通知》（國稅函【2008】264號）文件第二條第二款規(guī)定：企業(yè)因收回、轉(zhuǎn)讓或清算處置股權(quán)投資而發(fā)生的權(quán)益性投資轉(zhuǎn)讓損失，可以在稅前扣除，但每一納稅年度扣除的股權(quán)投資損失，不得超過當(dāng)年實現(xiàn)的股權(quán)投資收益和股權(quán)投資轉(zhuǎn)讓所得，超過部分可向以后納稅年度結(jié)轉(zhuǎn)扣除。企業(yè)股權(quán)投資轉(zhuǎn)讓損失連續(xù)向后結(jié)轉(zhuǎn)5年仍不能從股權(quán)投資收益和股權(quán)投資轉(zhuǎn)讓所得中扣除的，準(zhǔn)予在該股權(quán)投資轉(zhuǎn)讓年度后第6年一次性扣除。
企業(yè)所得稅納稅申報表附表十一“長期股權(quán)投資所得損失”，據(jù)此設(shè)計了“投資損失補充資料”。
《企業(yè)所得稅法》實施后，長期股權(quán)投資損失是否能在當(dāng)年扣除的政策引起了廣泛爭議。一是，投資損失是否能在當(dāng)年一次性扣除；二是，如果2008年以后產(chǎn)生的投資損失能夠在當(dāng)年一次性扣除，2008年以前的投資損失繼續(xù)遵循國稅函【2008】264號文件規(guī)定，還是也可以一次扣除。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈企業(yè)資產(chǎn)損失稅前扣除管理辦法〉的通知》（國稅發(fā)〔2009〕88號）規(guī)定，企業(yè)發(fā)生的投資（轉(zhuǎn)讓）損失應(yīng)按實際確認(rèn)或發(fā)生的當(dāng)期扣除。但是，該文件沒有明確以前年度的損失是否可以在2009年度匯算清繳一次性稅前扣除。
通知指出，對于長期股權(quán)投資發(fā)生的損失，企業(yè)所得稅年度納稅申報表附表十一“長期股權(quán)投資所得損失”“投資損失補充資料”的相關(guān)內(nèi)容不再填報。據(jù)此判斷，既然“投資損失補充資料”不再填報，也就意味著不但2009年度的股權(quán)投資損失可以一次性扣除，以前年度產(chǎn)生的股權(quán)轉(zhuǎn)讓損失也可以在2009年度一次性扣除。因為，如果以前年度產(chǎn)生的損失繼續(xù)遵循國稅函【2008】264號文件規(guī)定，納稅申報表必須要填列到“投資損失補充資料”中。
?。┒愂諆?yōu)惠填報口徑。
《企業(yè)所得稅法》實施之前，根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)的免稅所得彌補虧損問題的通知》（國稅發(fā)【1999】34號）文件規(guī)定，如果一個企業(yè)既有應(yīng)稅項目，又有免稅項目，其應(yīng)稅項目發(fā)生虧損時，按照稅收法規(guī)規(guī)定可以結(jié)轉(zhuǎn)以后年度彌補的虧損，應(yīng)該是沖抵免稅項目所得后的余額。此外，雖然應(yīng)稅項目有所得，但不足彌補當(dāng)年年度虧損的，免稅項目的所得也應(yīng)用于彌補以前年度虧損。
《企業(yè)所得稅法》實施之后，免稅收入、所得不再需要彌補應(yīng)稅虧損，對于納稅人來說是利好消息。但是新的問題是，應(yīng)稅所得是否允許彌補免稅的虧損，這一點并未明確，尤其納稅申報表填報說明，又沒有規(guī)定免稅所得可以填列負(fù)數(shù)，因此業(yè)界的一些專家認(rèn)為，免稅收入、所得不必彌補應(yīng)稅虧損，但是應(yīng)稅收入、所得可以彌補免稅虧損。
通知明確，對企業(yè)取得的免稅收入、減計收入以及減征、免征所得額項目，不得彌補當(dāng)期及以前年度應(yīng)稅項目虧損；當(dāng)期形成虧損的減征、免征所得額項目，也不得用當(dāng)期和以后納稅年度應(yīng)稅項目所得抵補。
值得注意的是，在稅收實踐中，一些多業(yè)經(jīng)營的納稅人，預(yù)計到本年度免稅項目虧損時，往往采取不去備案的方式，不享受免稅待遇，從而規(guī)避稅法的規(guī)定。
（七）彌補虧損填報口徑。
《企業(yè)所得稅法》實施之前，符合獨立核算標(biāo)準(zhǔn)的分支機構(gòu)作為單獨的納稅人繳納稅款，而《企業(yè)所得稅法》實施后，法人企業(yè)是獨立的納稅人。關(guān)于以前年度作為單獨納稅人，2008年以后不再具有獨立納稅人資格分支機構(gòu)以前年度的虧損處理問題，《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)〔2008〕28號）規(guī)定，總機構(gòu)可以全額彌補分支機構(gòu)2007年及以前年度尚未彌補完的虧損。
由于總機構(gòu)彌補分支機構(gòu)以前年度虧損政策，只是暫時性政策，隨著以前年度虧損期限的到期，該問題將不復(fù)存在，因此附表四“彌補虧損明細(xì)表”并未設(shè)計專門的欄次。
通知明確，將分支機構(gòu)以前年度的虧損視同為企業(yè)合并，填入企業(yè)所得稅年度納稅申報表附表四“彌補虧損明細(xì)表”第三列“合并分立企業(yè)轉(zhuǎn)入可彌補虧損額”對應(yīng)行次。
?。ò耍┢髽I(yè)處置資產(chǎn)確認(rèn)問題。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)處置資產(chǎn)所得稅處理問題的通知》（國稅函〔2008〕828號）第三條規(guī)定，企業(yè)處置外購資產(chǎn)可按購入時的價格確定銷售收入。關(guān)于這一條規(guī)定，業(yè)界引起了不小的爭議，一部分人認(rèn)為這一條規(guī)定不合理。比如，某企業(yè)購入商品房一套，購入價格100萬元，3年后市場公允價值為300萬元，該企業(yè)將其用于投資，按照本條款規(guī)定視同銷售價格可以按照購入時的價格100萬元，而不是300萬元，因此不合理；另外一部分認(rèn)為，文件中的“可”字用的非常精確，是指如果外購貨物并未增值，在這種情形下，不能機械的按照成本利潤率計算視同銷售價格，而是“可”按照購入價格即可，反之如果購進貨物德市場公允價值發(fā)生了重大變化，則不能按照購進價格確認(rèn)視同銷售收入。
通知明確，企業(yè)處置外購資產(chǎn)按購入時的價格確定銷售收入，是指企業(yè)處置該項資產(chǎn)不是以銷售為目的，而是具有替代職工福利等費用支出性質(zhì)，且購買后一般在一個納稅年度內(nèi)處置。
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