1、授權與批準。建立銀行存款的內部控制制度，首先就要確立授權與批準的制度，即銀行存款收付業(yè)務的發(fā)生，需要經(jīng)單位主管人員或財務主管人員審批，并授權具體的人員經(jīng)辦，審批一般以簽字蓋章方式表示。該過程保證了銀行存款的收支業(yè)務要在授權下進行。
2、職責區(qū)分、內部牽制。該程序體現(xiàn)錢賬分管，內部控制原則，具體包括：
(1)銀行存款收付業(yè)務授權與經(jīng)辦相分離。
(2)銀行存款收付業(yè)務經(jīng)辦與審查相分離。
(3)銀行存款收付業(yè)務經(jīng)辦與記賬相分離。
(4)銀行存款票據(jù)保管與銀行存款記賬人員相分離。
(5)銀行存款票據(jù)保管與印章保管相分離。
(6)銀行存款日記賬和總賬的登記相分離。
(7)銀行存款登賬與審核相分離。
(8)銀行存款收付款憑證保管與銀行存款日記賬登賬相分離。
3、記錄與審核。出納人員復核了銀行存款收付業(yè)務的原始憑證后，應及時填制或取得結算憑證，辦理銀行的結算業(yè)務，并對結算憑證和原始憑證加蓋“收訖”或“付訖”戳記，表示該憑證的款項已實際收入或付出。會計人員根據(jù)會計主管審核無誤的銀行存款收付原始憑證編制銀行存款收款憑證、付款憑證。原始憑證、收款憑證、付款憑證須經(jīng)會計主管或授權稽核人員就其內容合法性、合理性、真實性逐一審核后，并簽字蓋章才可據(jù)以登記入賬。
4、文件管理。為了保證已發(fā)生經(jīng)濟業(yè)務安全完整，對收、付款憑證可以采取混合連續(xù)編號，也可以采取分類連續(xù)編號；同時對票據(jù)由專人負責保管；票據(jù)和結算業(yè)務發(fā)生時，須經(jīng)財會部門主管人員或企業(yè)主管人員并要求經(jīng)辦人簽字。
5、核對。出納人員定期編制“銀行存款余額調節(jié)表”，交由會計主管人員檢查，同時定期進行賬賬核對，以保證銀行存款安全。