中小企業(yè)合理避稅存在問題及其成因分析如下所示：
（1）中小企業(yè)會計信息質(zhì)量不高，會計人員核算水平不高，納稅依據(jù)虛假
中小企業(yè)的財務人員稅收籌劃資質(zhì)不足，業(yè)務素質(zhì)低和財務系統(tǒng)化核算能力欠缺，不能及時準確進行稅收籌劃，導致納稅申報失真等現(xiàn)象嚴重。納稅人通過玩弄數(shù)字游戲，刻意地虛報少報收入，不切實際的攤銷費用，增加支出等方法，掩蓋財務信息的真實性，以求少繳納稅收。企業(yè)在沒有真正解決相關(guān)人員就業(yè)的情況下，盲目地利用稅收優(yōu)惠政策進行少繳稅等。
（2）忽視合理避稅的風險管理，增加稅務成本
隨著宏觀經(jīng)濟環(huán)境的不斷變化，而合理避稅又發(fā)生在應稅行為之前，這給中小企業(yè)帶來諸多不確定的因素，使納稅籌劃變得尤為棘手，處理不當，會沖擊企業(yè)的生產(chǎn)經(jīng)營活動，給企業(yè)造成不利的影響。像納稅相關(guān)政策重點調(diào)整，給中小企業(yè)的稅收籌劃帶來隱患；加上納稅人對稅收政策的了解不透徹理解不準確、不全面，和未樹立合理避稅中的風險管理意識，也會影響中小企業(yè)合理避稅的有效性，不自覺的增加了稅務成本。
（3）片面追求短期利益，忽視企業(yè)的長遠利益
短期利益是長期利益的前提條件，長期利益是短期利益的有機結(jié)合，也是實現(xiàn)預期短期利益的依托，更是短期利益的長期目標。中小企業(yè)應該兼顧短期利益和長期利益的取舍。短期利益相當于企業(yè)的品質(zhì)，長期利益就相當于企業(yè)的品牌。我國企業(yè)引入合理避稅時間較短，較之于西方國家稅務意識相對薄弱。尤其是中小企業(yè)更加明顯，往往不是特別重視法律政策，對合理避稅的實質(zhì)不透徹，片面的追求企業(yè)當前利益，忽視企業(yè)的長遠利益，使得合理避稅在企業(yè)納稅中出現(xiàn)瓶頸問題，停滯不前。
（4）稅務代理機構(gòu)不完善，遲滯稅務籌劃的發(fā)展
稅務代理機構(gòu)一般規(guī)模小。由于稅務代理起步較晚，缺乏稅務籌劃師、稅務精算師等，中小企業(yè)的納稅籌劃多是由財務人員兼辦，綜合素質(zhì)達不到稅務籌劃的要求，稅務代理機構(gòu)從業(yè)人員整體素質(zhì)有待提高，、稅務代理機構(gòu)市場大，但是自身的業(yè)務領域狹小，服務層次低，效率低，很難真正滿足市場的需要。延緩了中小企業(yè)合理避稅專業(yè)化的進程。
我國《稅收征收管理法》確立了稅務代理的合法性，同時確立了稅務代理的法律規(guī)范和操作辦法，但是具有權(quán)威性、完整性和嚴肅性的稅務代理法尚未出臺，如何開展稅務代理，在具體實行上，各地沒有統(tǒng)一的模式，都處于試行狀態(tài)。給稅務代理業(yè)的可持續(xù)發(fā)展帶來不良影響。