1.考試試題不同
金融碩士：思想政治理論 英語一或英語二 數學三（統(tǒng)考）或396經濟類聯考綜合 金融學綜合
金融學碩士：思想政治理論 英語一 數學三（統(tǒng)考） 經濟學
 
2.培養(yǎng)方式不同
金融碩士：應用型碩士 學制2年 自費
金融學碩士：學術型碩士 學制一般3年 公費或自費或委培
 
3.課程設置不同
在課程設置上金融學碩士作為學歷教育，重點是基礎教育、素質教育和專業(yè)教育，偏重理論知識的掌握和學習
金融碩士作為職業(yè)教育，則更多偏重于實務，學習的目的是為了解決實際工作中的問題。
 
4.導師制度不同
按照教育部指導規(guī)劃，專業(yè)碩士采取雙導師制度，即社會導師和校內導師雙導師。
 
隨著碩士招生體制的改革不斷推進，專碩已經開始于學碩并駕齊驅，后者注重研究型人才培養(yǎng)，前者注重應用培養(yǎng)，各有所長；從中央財經、人大10級會計專碩的就業(yè)趨勢來看，完全不遜于學碩。金融專業(yè)本身就具有實踐性強的特點，兩年的全日職專業(yè)碩士(學碩一般三年)的培養(yǎng)方式更能滿足就業(yè)的需要。長期以來社會上一直存在大學教育與社會實踐脫節(jié)的批評，專業(yè)碩士的出臺有利于改善這種狀況。