滯留發(fā)票一般是銷貨方對購貨方開具增值稅專用發(fā)票，而購貨方由于多種原因在規(guī)定期限內(nèi)(180日)未將專用發(fā)票認(rèn)證及抵扣的增值稅專用發(fā)票。
增值稅發(fā)票只要一經(jīng)防偽稅控系統(tǒng)開出，由于各種主客觀因素導(dǎo)致很多該抵扣的發(fā)票，而購貨方未去認(rèn)證則該發(fā)票就沒有對應(yīng)的抵扣信息，就會造成滯留。
“營改增”一般納稅人由于增值稅扣稅憑證未經(jīng)稅務(wù)機關(guān)認(rèn)證而不得從當(dāng)期銷項稅額中抵扣的進項稅額，是指一般納稅人已取得增值稅扣稅憑證、按照現(xiàn)行增值稅制度規(guī)定準(zhǔn)予抵扣，但尚未經(jīng)稅務(wù)機關(guān)認(rèn)證的進項稅額，不得從當(dāng)期銷項稅額中抵扣的進項稅額。那么，如何解決增值稅專用發(fā)票滯留事項呢?以下5種情況可以這樣處理。
1.先辦理認(rèn)證抵扣再做全額進項轉(zhuǎn)出
企業(yè)若取得不能抵扣的專用發(fā)票，由于增值稅發(fā)票開具不去抵扣就會造成滯留，去抵扣又屬于不能抵扣的范圍，所以若取得不能抵扣的專用發(fā)票，是要把發(fā)票拿去認(rèn)證抵扣，但同時做全額進項轉(zhuǎn)出。已經(jīng)申報抵扣的異常憑證，經(jīng)主管稅務(wù)機關(guān)核實后，凡不符合現(xiàn)行增值稅進項稅抵扣規(guī)定的，一律作進項稅轉(zhuǎn)出。
對于異常專用發(fā)票，需要調(diào)查核實后視情處理。
稅收風(fēng)險分析評估中，主管稅務(wù)機關(guān)發(fā)現(xiàn)增值稅一般納稅人存在購進、銷售貨物(服務(wù))品名明顯背離，虛假填列納稅申報表特定項目以規(guī)避稅務(wù)機關(guān)審核比對等異常情形的，應(yīng)及時約談納稅人。
因電話、地址等稅務(wù)登記信息虛假無法聯(lián)系或兩次約談不到的，納稅人主動聯(lián)系主管稅務(wù)機關(guān)之前，主管稅務(wù)機關(guān)可通過增值稅發(fā)票系統(tǒng)升級版暫停該納稅人開具發(fā)票，并將其取得和開具的增值稅發(fā)票列入異常增值稅扣稅憑證范圍，錄入增值稅抵扣憑證審核檢查系統(tǒng)。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于異常增值稅扣稅憑證抵扣問題的通知》第二條規(guī)定，主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)對納稅人取得的異常憑證進行調(diào)查核實。尚未申報抵扣的異常憑證，暫不允許抵扣，經(jīng)主管稅務(wù)機關(guān)核實后，符合現(xiàn)行增值稅進項稅抵扣規(guī)定的，應(yīng)當(dāng)允許納稅人繼續(xù)申報抵扣。已經(jīng)申報抵扣的異常憑證，經(jīng)主管稅務(wù)機關(guān)核實后，凡不符合現(xiàn)行增值稅進項稅抵扣規(guī)定的，一律作進項稅轉(zhuǎn)出。
2.失控專用發(fā)票要通過協(xié)查確認(rèn)抵扣
失控增值稅專用發(fā)票是指防偽稅控企業(yè)丟失被盜金稅卡中未開具的專用發(fā)票以及被列為非正常戶的防偽稅控企業(yè)未向稅務(wù)機關(guān)申報或未按規(guī)定繳納稅款的增值稅專用發(fā)票。增值稅一般納稅人取得失控專用發(fā)票，其進項稅額不允許抵扣。
如果經(jīng)稅務(wù)機關(guān)按非正常戶登記失控專用發(fā)票后，一般納稅人又向稅務(wù)機關(guān)申請防偽稅控報稅的，其主管稅務(wù)機關(guān)可以通過防偽稅控報稅子系統(tǒng)的逾期報稅功能受理報稅。經(jīng)查屬于銷售方已申報并繳納稅款的，可由銷售方主管稅務(wù)機關(guān)出具書面證明，并通過協(xié)查系統(tǒng)回復(fù)購買方主管稅務(wù)機關(guān)，該失控發(fā)票可作為購買方抵扣增值稅進項稅額的憑證抵扣進項稅額。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于失控增值稅專用發(fā)票處理的批復(fù)》(國稅函〔2008〕607號)規(guī)定，購買方主管稅務(wù)機關(guān)對認(rèn)證發(fā)現(xiàn)的失控發(fā)票，應(yīng)按照規(guī)定移交稽查部門組織協(xié)查。屬于銷售方已申報并繳納稅款的，可由銷售方主管稅務(wù)機關(guān)出具書面證明，并通過協(xié)查系統(tǒng)回復(fù)購買方主管稅務(wù)機關(guān)，該失控發(fā)票可作為購買方抵扣增值稅進項稅額的憑證。
根據(jù)上述規(guī)定，對于取得失控專用發(fā)票，需由企業(yè)主管稅務(wù)機關(guān)通過協(xié)查，確認(rèn)銷售方已經(jīng)申報納稅并取得銷售方主管稅務(wù)機關(guān)出具的書面證明及協(xié)查回復(fù)后，才可抵扣進項稅額。
3.遺失專用發(fā)票視情況分別處理
增值稅專用發(fā)票丟失，是在增值稅一般納稅人經(jīng)營過程中經(jīng)常發(fā)生的。在丟失了增值稅專用發(fā)票后，首先應(yīng)分清丟失發(fā)票的責(zé)任。如是購買方的責(zé)任，需要求對方出具丟失發(fā)票的說明或主管稅務(wù)機關(guān)對其未按規(guī)定保管發(fā)票行為的處罰證明，然后分下列情況處理：增值稅一般納稅人將取得的專用發(fā)票“抵扣聯(lián)”丟失的，其進項稅額不允許抵扣。但如果丟失前已認(rèn)證相符，可用“發(fā)票聯(lián)”復(fù)印件作為“抵扣聯(lián)”留存?zhèn)洳?如果丟失前未認(rèn)證的，可用“發(fā)票聯(lián)”到主管稅務(wù)機關(guān)認(rèn)證，將“發(fā)票聯(lián)”復(fù)印件留存?zhèn)洳椤Ｔ鲋刀愐话慵{稅人將取得的專用發(fā)票的“發(fā)票聯(lián)”和“抵扣聯(lián)”全部丟失的，其進項稅額不允許抵扣。
丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，經(jīng)稅務(wù)機關(guān)審核同意可作進項稅額抵扣憑證?！蛾P(guān)于簡化增值稅發(fā)票領(lǐng)用和使用程序有關(guān)問題的公告》國家稅務(wù)總局公告2014年第19號,明確了簡化丟失專用發(fā)票的處理流程：一般納稅人丟失已開具專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，如果丟失前已認(rèn)證相符的，購買方可憑銷售方提供的相應(yīng)專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件及銷售方主管稅務(wù)機關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》或《丟失貨物運輸業(yè)增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，作為增值稅進項稅額的抵扣憑證;如果丟失前未認(rèn)證的，購買方憑銷售方提供的相應(yīng)專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件進行認(rèn)證，認(rèn)證相符的可憑專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件及銷售方主管稅務(wù)機關(guān)出具的《證明單》，作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件和《證明單》留存?zhèn)洳椤?/div>
4.客觀造成發(fā)票逾期可申請逾期抵扣手續(xù)
增值稅一般納稅人取得的增值稅扣稅憑證已認(rèn)證或已采集上報信息但未按照規(guī)定期限申報抵扣;實行納稅輔導(dǎo)期管理的增值稅一般納稅人以及實行海關(guān)進口增值稅專用繳款書“先比對后抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人，取得的增值稅扣稅憑證稽核比對結(jié)果相符但未按規(guī)定期限申報抵扣，屬于發(fā)生真實交易且符合《國家稅務(wù)總局關(guān)于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》(國家稅務(wù)總局公告2011年第50號)第二條規(guī)定的客觀原因的，經(jīng)主管稅務(wù)機關(guān)審核，允許納稅人繼續(xù)申報抵扣其進項稅額。
增值稅扣稅憑證未認(rèn)證或未采集上報信息，且逾期即超期申報扣稅憑證的，根據(jù)國家稅務(wù)總局公告2011年第50號規(guī)定，增值稅一般納稅人發(fā)生真實交易但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經(jīng)主管稅務(wù)機關(guān)審核、逐級上報，由國家稅務(wù)總局認(rèn)證、稽核比對后，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續(xù)抵扣其進項稅額。
客觀原因包括以下五種類型：1.因自然災(zāi)害、社會突發(fā)事件等不可抗力原因造成增值稅扣稅憑證未按期申報抵扣;2.有關(guān)司法、行政機關(guān)在辦理業(yè)務(wù)或者檢查中，扣押、封存納稅人賬簿資料，導(dǎo)致納稅人未能按期辦理申報手續(xù);3.
稅務(wù)機關(guān)信息系統(tǒng)、網(wǎng)絡(luò)故障，導(dǎo)致納稅人未能及時取得認(rèn)證結(jié)果通知書或稽核結(jié)果通知書，未能及時辦理申報抵扣;4.
由于企業(yè)辦稅人員傷亡、突發(fā)危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續(xù)，導(dǎo)致未能按期申報抵扣;5.國家稅務(wù)總局規(guī)定的其他情形。
5.涉嫌違規(guī)發(fā)票經(jīng)核查后按規(guī)定處理
《國家稅務(wù)總局關(guān)于金稅工程增值稅征管信息系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)的涉嫌違規(guī)增值稅專用發(fā)票處理問題的通知》(國稅函〔2006〕969號)規(guī)定，防偽稅控認(rèn)證系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)涉嫌違規(guī)發(fā)票分無法認(rèn)證、認(rèn)證不符、密文有誤、重復(fù)認(rèn)證、認(rèn)證時失控、認(rèn)證后失控和納稅人識別號認(rèn)證不符(發(fā)票所列購買方納稅人識別號與申報認(rèn)證企業(yè)的納稅人識別號不符)等類型。
屬于無法認(rèn)證、納稅人識別號認(rèn)證不符和認(rèn)證不符的發(fā)票代碼號碼認(rèn)證不符(密文與明文相比較，發(fā)票代碼或號碼不符)的發(fā)票，不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。稅務(wù)機關(guān)應(yīng)將發(fā)票原件退還企業(yè)，企業(yè)可要求銷售方重新開具。
屬于重復(fù)認(rèn)證、密文有誤和認(rèn)證不符(不包括發(fā)票代碼號碼認(rèn)證不符)、認(rèn)證時失控和認(rèn)證后失控的發(fā)票，暫不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證，稅務(wù)機關(guān)扣留原件，移送稽查部門作為案源進行查處。
經(jīng)稅務(wù)機關(guān)檢查確認(rèn)屬于稅務(wù)機關(guān)責(zé)任以及技術(shù)性錯誤造成的，允許作為增值稅進項稅額的抵扣憑證;不屬于稅務(wù)機關(guān)責(zé)任以及技術(shù)性錯誤造成的，不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
《關(guān)于修訂增值稅專用發(fā)票使用規(guī)定》(國稅發(fā)〔2006〕156號)進一步明確了上述規(guī)定。增值稅專用發(fā)票稽核系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)涉嫌違規(guī)發(fā)票分比對不符、缺聯(lián)和作廢等類型。凡屬于上述涉嫌違規(guī)的發(fā)票，暫不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證，由稅務(wù)管理部門按照審核檢查的有關(guān)規(guī)定進行核查，并按有關(guān)規(guī)定進行處理。經(jīng)稅務(wù)機關(guān)檢查確認(rèn)屬于稅務(wù)機關(guān)責(zé)任以及技術(shù)性錯誤造成的，允許作為增值稅進項稅額的抵扣憑證;不屬于稅務(wù)機關(guān)責(zé)任以及技術(shù)性錯誤造成的，不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
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