根據(jù)新《營業(yè)稅暫行條例》第十一條規(guī)定，建筑業(yè)的總包人不再被規(guī)定為分包人的扣繳義務人，建設方與總包方均不再是分包方建筑業(yè)營業(yè)稅的扣繳義務人，分包方應自行于勞務發(fā)生地繳納稅款。
根據(jù)新《營業(yè)稅暫行條例》第五條第二款的規(guī)定：“納稅人將建筑工程分包給其它單位的，以其取得的全部價款和價外費用扣除其支付給其它單位的分包款后的余額為營業(yè)額；”那么對總包方而言是可以差額納稅的，具體到開具發(fā)票的問題，總包工程款為1000萬元，其中分包為100萬元，通常的處理模式應為：總包人向建設單位開具1000萬元的發(fā)票進行工程結(jié)算，分包方向總包方開具100萬的發(fā)票進行分包工程結(jié)算，然后總包將分包開來的發(fā)票進行營業(yè)額抵減并申報納稅。
實踐中為征收管理需要，稅務機關也可能會采取委托建設方代扣總包方和分包方的稅款的辦法。
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