根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第五十條規(guī)定，除稅收法律、行政法規(guī)另有規(guī)定外，居民企業(yè)以企業(yè)登記注冊地確定納稅地點(diǎn)，但登記注冊地在境外的，以實(shí)際管理機(jī)構(gòu)所在地為納稅地點(diǎn)。
居民企業(yè)在中國境內(nèi)設(shè)立不具有法人資格的營業(yè)機(jī)構(gòu)的，應(yīng)當(dāng)匯總計(jì)算并繳納企業(yè)所得稅。“即：如果貴企業(yè)所指的分支機(jī)構(gòu)是不具有法人資格的營業(yè)機(jī)構(gòu)，需要與總機(jī)構(gòu)匯總計(jì)算并繳納企業(yè)所得稅，則該分支機(jī)構(gòu)在企業(yè)所得稅的計(jì)算時(shí)是需要與總機(jī)構(gòu)一并作為一個(gè)法人主體進(jìn)行計(jì)算繳納的。
另據(jù)：《科技部、財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理辦法〉的通知》（國科發(fā)火[2008]172號(hào)）第二條規(guī)定，本辦法所稱的高新技術(shù)企業(yè)是指：在《國家重點(diǎn)支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》（見附件）內(nèi)，持續(xù)進(jìn)行研究開發(fā)與技術(shù)成果轉(zhuǎn)化，形成企業(yè)核心自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)，并以此為基礎(chǔ)開展經(jīng)營活動(dòng)，在中國境內(nèi)（不包括港、澳、臺(tái)地區(qū)）注冊一年以上的居民企業(yè)。
即：取得高新技術(shù)企業(yè)資格的應(yīng)為居民企業(yè)，新企業(yè)所得稅法實(shí)行的是法人納稅制，因而，如果您所說的總分支機(jī)構(gòu)是屬于同一法人下的總分公司，那么在申請(qǐng)高新技術(shù)企業(yè)資格認(rèn)定時(shí)應(yīng)以居民企業(yè)的身份進(jìn)行認(rèn)定，這里實(shí)際應(yīng)該已經(jīng)包括了同一法人主體下的總分公司，因而，在享受高新技術(shù)企業(yè)優(yōu)惠政策時(shí)自然總分公司也應(yīng)該是以同一法人主體進(jìn)行享受優(yōu)惠政策的，但前提是分支機(jī)構(gòu)應(yīng)不具有法人資格。
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