《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)重組業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）規(guī)定，被合并企業(yè)的虧損不得在合并企業(yè)結(jié)轉(zhuǎn)彌補。企業(yè)分立相關(guān)企業(yè)的虧損不得相互結(jié)轉(zhuǎn)彌補。被分立企業(yè)未超過法定彌補期限的虧損額可按分立資產(chǎn)占全部資產(chǎn)的比例進(jìn)行分配，由分立企業(yè)繼續(xù)彌補。在企業(yè)合并重組中，如果被合并企業(yè)存在虧損，則可以有條件的限額彌補。
《企業(yè)重組業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅管理辦法》（國家稅務(wù)總局公告2010年第4號）第二十六條規(guī)定，可由合并企業(yè)彌補的被合并企業(yè)虧損的限額，是指按《稅法》規(guī)定的剩余結(jié)轉(zhuǎn)年限內(nèi)，每年可由合并企業(yè)彌補的被合并企業(yè)虧損的限額。分別適用一般性稅務(wù)處理規(guī)定和特殊性稅務(wù)處理規(guī)定。
一般性重組是在企業(yè)并購交易發(fā)生時，就要確認(rèn)資產(chǎn)、股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得和損失，按照交易價格重新確定計稅基礎(chǔ)，并計算繳納企業(yè)所得稅的重組。特殊性重組是指符合一定條件的企業(yè)重組，在重組交易發(fā)生時，對股權(quán)支付部分，以企業(yè)資產(chǎn)、股權(quán)的原有成本為計稅基礎(chǔ)，暫時不確認(rèn)資產(chǎn)、股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得和損失，也就暫時不用納稅，將納稅義務(wù)遞延到以后履行。企業(yè)符合財稅[2009]59號文件規(guī)定的特殊重組的條件，可以享受特殊重組的稅收優(yōu)惠。
企業(yè)重組符合規(guī)定條件的，交易各方對其交易中的股權(quán)支付部分，可以按以下規(guī)定進(jìn)行特殊性稅務(wù)處理：企業(yè)合并，企業(yè)股東在該企業(yè)合并發(fā)生時取得的股權(quán)支付金額不低于其交易支付總額的85%，以及同一控制下且不需要支付對價的企業(yè)合并，被合并企業(yè)合并前的相關(guān)所得稅事項由合并企業(yè)承繼。可由合并企業(yè)彌補的被合并企業(yè)虧損的限額=被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價值×截至合并業(yè)務(wù)發(fā)生當(dāng)年年末國家發(fā)行的最長期限的國債利率。
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