1、會計記賬基礎(chǔ)不同
　　企業(yè)會計準則在總則中明確規(guī)定企業(yè)單位的核算采用權(quán)責(zé)發(fā)生制原則。而按照事業(yè)單位會計準的規(guī)定，事業(yè)單位的會計核算主要采用收付實現(xiàn)制，經(jīng)營性的收支業(yè)務(wù)也可以采用權(quán)責(zé)發(fā)生制，但其核算的范圍有限，而且一般不預(yù)提費用和待攤。
　　2、凈資產(chǎn)規(guī)定的內(nèi)容不同
　　企業(yè)的凈資產(chǎn)又稱為所有者權(quán)益，是指企業(yè)資產(chǎn)在扣除負債之后所有者所享有的剩余收益。其主要來源包括所有者投資的資產(chǎn)、直接計入所有者權(quán)益的利得與損失、留存收益等方面。而事業(yè)單位凈資產(chǎn)是指資產(chǎn)與負責(zé)的差額，主要包括事業(yè)基金、專用基金、固定基金、經(jīng)營結(jié)余和事業(yè)結(jié)余等方面。事業(yè)單位的資產(chǎn)主要來源于國家撥款，是其按照國家規(guī)定占有、運用國有資產(chǎn)從而形成的資產(chǎn)，因此事業(yè)單位資產(chǎn)又稱為事業(yè)單位國有(公共) 資產(chǎn)。與企業(yè)不同，一般事業(yè)單位的資產(chǎn)不計算盈虧，因此其凈資產(chǎn)不能體現(xiàn)所有者或投資者的權(quán)益。
　　3、財務(wù)會計報表的內(nèi)容不同
　　企業(yè)會計準則明確規(guī)定：企業(yè)財務(wù)報告是指企業(yè)對外提供的反映企業(yè)某一特定日期的財務(wù)狀況和某一會計期間的經(jīng)營成果、現(xiàn)金流量等會計信息的文件。企業(yè)會計準則要求會計報表應(yīng)該包括資產(chǎn)負債表、所有者權(quán)益變動表、利潤表、現(xiàn)金流量表等內(nèi)容，附注和其他應(yīng)當(dāng)提供詳細、充分的補充信息。
　　按照事業(yè)單位會計準則的規(guī)定，其會計報表是反映事業(yè)單位的財務(wù)狀況、收支情況的書面文件，主要包括資產(chǎn)負債表、收入支出表、附表及會計報表附注和收支情況說明書等內(nèi)容，其中，事業(yè)單位占有以及使用國有資產(chǎn)的情況信息是財務(wù)會計報表的組成部分。與企業(yè)的財務(wù)會計報表相比，事業(yè)單位財務(wù)會計報表不需要編制現(xiàn)金流量表和利潤表。
　　4、預(yù)算管理方式不同
　　事業(yè)單位預(yù)算是指國家事業(yè)單位根據(jù)其職能、工作任務(wù)以及發(fā)展計劃編制年度財務(wù)收支計劃，主要反映的是事業(yè)單位的資金收入、業(yè)務(wù)活動和國家事業(yè)發(fā)展的規(guī)模、方向，其不僅是部門編制預(yù)算的基礎(chǔ)，同時也是事業(yè)單位財務(wù)工作的基本依據(jù)。事業(yè)單位的各項收入和支出全部都納入單位的預(yù)算進行統(tǒng)一管理，由單位統(tǒng)籌安排使用。對于事業(yè)單位而言，其預(yù)算一但經(jīng)過審查批準便立即成為具有法律效力的文件，事業(yè)單位有責(zé)任嚴格執(zhí)行和監(jiān)督單位預(yù)算，定期分析預(yù)算的執(zhí)行情況。若預(yù)算與實際情況存在較大的差異時，事業(yè)單位要及時分析差異原因，并且提出解決措施或者建議，從而確保單位各項收支標(biāo)準得以實現(xiàn)。
　　企業(yè)實行的是全面預(yù)算，這是指企業(yè)以戰(zhàn)略目標(biāo)為指導(dǎo)，總體規(guī)劃和統(tǒng)籌安排企業(yè)的資本和財務(wù)等資源，以便實現(xiàn)合理利用資源和提高企業(yè)經(jīng)濟效益的目的。企業(yè)預(yù)算由資本預(yù)算、經(jīng)營預(yù)算、籌資運算和財務(wù)預(yù)算共同構(gòu)成，預(yù)算方法主要有固定預(yù)算、滾動預(yù)算和彈性預(yù)算和等。與事業(yè)單位預(yù)算不同，企業(yè)的年度計劃和預(yù)算編制完成后是由企業(yè)的董事會決定審核批準的。
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