1、會(huì)計(jì)記賬基礎(chǔ)不同
　　企業(yè)會(huì)計(jì)準(zhǔn)則在總則中明確規(guī)定企業(yè)單位的核算采用權(quán)責(zé)發(fā)生制原則。而按照事業(yè)單位會(huì)計(jì)準(zhǔn)的規(guī)定，事業(yè)單位的會(huì)計(jì)核算主要采用收付實(shí)現(xiàn)制，經(jīng)營(yíng)性的收支業(yè)務(wù)也可以采用權(quán)責(zé)發(fā)生制，但其核算的范圍有限，而且一般不預(yù)提費(fèi)用和待攤。
　　2、凈資產(chǎn)規(guī)定的內(nèi)容不同
　　企業(yè)的凈資產(chǎn)又稱為所有者權(quán)益，是指企業(yè)資產(chǎn)在扣除負(fù)債之后所有者所享有的剩余收益。其主要來(lái)源包括所有者投資的資產(chǎn)、直接計(jì)入所有者權(quán)益的利得與損失、留存收益等方面。而事業(yè)單位凈資產(chǎn)是指資產(chǎn)與負(fù)責(zé)的差額，主要包括事業(yè)基金、專用基金、固定基金、經(jīng)營(yíng)結(jié)余和事業(yè)結(jié)余等方面。事業(yè)單位的資產(chǎn)主要來(lái)源于國(guó)家撥款，是其按照國(guó)家規(guī)定占有、運(yùn)用國(guó)有資產(chǎn)從而形成的資產(chǎn)，因此事業(yè)單位資產(chǎn)又稱為事業(yè)單位國(guó)有(公共) 資產(chǎn)。與企業(yè)不同，一般事業(yè)單位的資產(chǎn)不計(jì)算盈虧，因此其凈資產(chǎn)不能體現(xiàn)所有者或投資者的權(quán)益。
　　3、財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)報(bào)表的內(nèi)容不同
　　企業(yè)會(huì)計(jì)準(zhǔn)則明確規(guī)定：企業(yè)財(cái)務(wù)報(bào)告是指企業(yè)對(duì)外提供的反映企業(yè)某一特定日期的財(cái)務(wù)狀況和某一會(huì)計(jì)期間的經(jīng)營(yíng)成果、現(xiàn)金流量等會(huì)計(jì)信息的文件。企業(yè)會(huì)計(jì)準(zhǔn)則要求會(huì)計(jì)報(bào)表應(yīng)該包括資產(chǎn)負(fù)債表、所有者權(quán)益變動(dòng)表、利潤(rùn)表、現(xiàn)金流量表等內(nèi)容，附注和其他應(yīng)當(dāng)提供詳細(xì)、充分的補(bǔ)充信息。
　　按照事業(yè)單位會(huì)計(jì)準(zhǔn)則的規(guī)定，其會(huì)計(jì)報(bào)表是反映事業(yè)單位的財(cái)務(wù)狀況、收支情況的書(shū)面文件，主要包括資產(chǎn)負(fù)債表、收入支出表、附表及會(huì)計(jì)報(bào)表附注和收支情況說(shuō)明書(shū)等內(nèi)容，其中，事業(yè)單位占有以及使用國(guó)有資產(chǎn)的情況信息是財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)報(bào)表的組成部分。與企業(yè)的財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)報(bào)表相比，事業(yè)單位財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)報(bào)表不需要編制現(xiàn)金流量表和利潤(rùn)表。
　　4、預(yù)算管理方式不同
　　事業(yè)單位預(yù)算是指國(guó)家事業(yè)單位根據(jù)其職能、工作任務(wù)以及發(fā)展計(jì)劃編制年度財(cái)務(wù)收支計(jì)劃，主要反映的是事業(yè)單位的資金收入、業(yè)務(wù)活動(dòng)和國(guó)家事業(yè)發(fā)展的規(guī)模、方向，其不僅是部門編制預(yù)算的基礎(chǔ)，同時(shí)也是事業(yè)單位財(cái)務(wù)工作的基本依據(jù)。事業(yè)單位的各項(xiàng)收入和支出全部都納入單位的預(yù)算進(jìn)行統(tǒng)一管理，由單位統(tǒng)籌安排使用。對(duì)于事業(yè)單位而言，其預(yù)算一但經(jīng)過(guò)審查批準(zhǔn)便立即成為具有法律效力的文件，事業(yè)單位有責(zé)任嚴(yán)格執(zhí)行和監(jiān)督單位預(yù)算，定期分析預(yù)算的執(zhí)行情況。若預(yù)算與實(shí)際情況存在較大的差異時(shí)，事業(yè)單位要及時(shí)分析差異原因，并且提出解決措施或者建議，從而確保單位各項(xiàng)收支標(biāo)準(zhǔn)得以實(shí)現(xiàn)。
　　企業(yè)實(shí)行的是全面預(yù)算，這是指企業(yè)以戰(zhàn)略目標(biāo)為指導(dǎo)，總體規(guī)劃和統(tǒng)籌安排企業(yè)的資本和財(cái)務(wù)等資源，以便實(shí)現(xiàn)合理利用資源和提高企業(yè)經(jīng)濟(jì)效益的目的。企業(yè)預(yù)算由資本預(yù)算、經(jīng)營(yíng)預(yù)算、籌資運(yùn)算和財(cái)務(wù)預(yù)算共同構(gòu)成，預(yù)算方法主要有固定預(yù)算、滾動(dòng)預(yù)算和彈性預(yù)算和等。與事業(yè)單位預(yù)算不同，企業(yè)的年度計(jì)劃和預(yù)算編制完成后是由企業(yè)的董事會(huì)決定審核批準(zhǔn)的。
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