我國經過兩次“利改稅”后才初步建立起的能源稅收制度體系，至今沒有形成一個以保護環(huán)境和節(jié)約能源為主要目標，各稅種、稅制要素相互配合、相互聯系和制約的相對獨立的稅制體系。缺少針對高耗能、高污染行為和產品課征的專門性稅種，在國外廣泛使用的能源稅、碳稅等本應在能源稅制中起主體作用的專門性稅種還未引入我國稅制。不僅如此，甚至對部分出口增長過快的高能耗、高污染和資源性產品仍給予出口退稅、關稅減免等政策優(yōu)惠。
　　能源稅對合理利用能源，保護生態(tài)環(huán)境至關重要。在我國經濟轉型、產業(yè)升級換代進入關鍵階段之時，能源稅制改革顯得越來越迫切。
　　目前理論界所說的能源稅制主要指能源稅收。從全球范圍看，能源稅收主要分為能源生產稅、能源銷售稅、能源消費稅、能源環(huán)境稅、能源特別稅五種類型。與西方發(fā)達國家不同，我國目前尚未開征專門的能源稅，不是單一的能源稅種，而由與能源相關的稅費等共同構成一套稅費合一的能源稅費體系。所以，我國的能源稅制屬于廣義上的“能源稅制”。按現行法律法規(guī)，我國的能源稅制不僅包括上述五種稅收，還包括收益金、資產收益和行政事業(yè)性收費、行政事業(yè)性基金等。
　　我國的能源稅制在節(jié)約和有效利用能源方面發(fā)揮了重要的作用，但起步時間較晚，體系尚不完備，能源稅制缺乏統(tǒng)一原則和系統(tǒng)性。在現有能源稅制下，能源資源收益分配不合理、能源產品成本不完全，能源產品價格不能反映市場供求關系。
　　我國經過兩次“利改稅”后才初步建立起能源稅收制度體系，至今沒有形成一個以保護環(huán)境和節(jié)約能源為主要目標，各稅種、稅制要素相互配合、相互聯系和制約的相對獨立的稅制體系。各能源稅收政策散見于增值稅、消費稅、資源稅等稅種中。各稅種設計之初沒有進行統(tǒng)一規(guī)劃，更沒有遵循統(tǒng)一的設計原則，使得各稅種在促進節(jié)能環(huán)保的作用上功能劃分不清晰，容易產生重復征稅，相關規(guī)定設計零散，銜接不緊，缺乏系統(tǒng)性，整體性。與國外相對完善的能源稅制相比，我國現行稅制中缺少針對高耗能、高污染行為和產品課征的專門性稅種，節(jié)能環(huán)保目標不明確。在國外廣泛使用的能源稅、碳稅等本應在能源稅制中起主體作用的專門性稅種還未引入我國稅制。
　　具體而言，我國能源稅收優(yōu)惠政策單一，范圍相對狹窄，力度不足。稅收優(yōu)惠方式主要限于減稅和免稅，受益面比較窄，影響了稅收式支出的調節(jié)效果。我國雖然對廢物利用、新型墻體材料、風力發(fā)電、環(huán)保設備和技術等有一定程度的稅收優(yōu)惠，但范圍相對較窄，力度較小，僅在增值稅與所得稅中對一部分能源有所體現。對新能源的稅收優(yōu)惠力度尤其不足，不利于其大規(guī)模開發(fā)和推廣。稅收優(yōu)惠政策中仍存在一些“反綠色”的措施，對部分出口增長過快的高能耗、高污染和資源性產品仍給予出口退稅、關稅減免等政策，對某些能耗較快、污染嚴重的涉外企業(yè)仍給予稅收優(yōu)惠。
　　由于能源稅制的調控空間狹窄、稅收規(guī)模有限，總體稅率過低，不同能源的稅率同質化，使得調控力度不足。目前我國對絕大多數能源產品都實行稅率 17%的增值稅，這不僅遠遠低于人均能源同樣缺乏的英、法、德、意、日的 60%以上的能源稅稅率，甚至低于人均能源相對充裕的美國、加拿大的 40%左右的能源稅稅率。同時，對于不同能源適用相同的稅率，也不利于引導能源消費偏好的轉型，達到改善能源消費結構的目的。
　　能源作為公共資源，其開發(fā)收益的分配理應體現在全民共享上，但現實是，雖然政府有對能源企業(yè)征收資源稅和資源補償費(合計不足2%)，也征收一定比例的特別受益金，但由于能源上游市場的壟斷性，造成能源收益地區(qū)以及行業(yè)之間的分配不平衡。尤其在一些資源型城市，能源產品的開發(fā)利用帶來一系列外部成本，在現行稅收制度下無法得到充分體現，企業(yè)開發(fā)利用資源的外部成本沒有被完全內部化。資源開發(fā)利用過程中的生態(tài)環(huán)境等外部成本基本由能源產業(yè)的上游企業(yè)、能源資源富集地區(qū)來承擔。另外，現行稅收體制沒有很好地體現能源的稀缺性，降低了企業(yè)使用能源的成本，造成能源利用率低下。
　　在相關稅費的設計上，計稅依據不科學，以致資源級差收益不明顯，對能源價格變化的影響缺乏考慮，資源稅稅負普遍較低，地方收益過低。消費稅中，征稅范圍太窄，對能源利用的控制度低，對節(jié)能環(huán)保的消費品沒有優(yōu)惠措施。征收環(huán)節(jié)不合理，將征收環(huán)節(jié)設在生產環(huán)節(jié)，造成最終消費者只感覺能源產品價格的高與低，缺乏稅收意識。消費稅實行價內稅不合理。采用價內稅，消費者每次消費應稅產品，并不清楚為這種消費支出多少稅金，無法強化消費者的節(jié)能意識。出于順應世界通行做法和目前技術的處理難易度，燃油稅在征收方式上從量定額，價內征收，但這顯然不是長期可行的發(fā)展方式。
　　在稅收制度之外，探礦權使用費和采礦權使用費的主要問題在于收費標準太低，前者大約比國際水平低三分之一或二分之一;后者只是國外平均標準的七分之一左右。而我國現行的資源稅和礦產資源補償費，實際上是礦區(qū)使用費的不同表現形式，是礦區(qū)使用費的重復計征，企業(yè)負擔進一步加重。
　　石油特別收益金自2006年3月按照每桶40美元起征的，當時原油平均成本每桶不到20美元。2011年11月將起征點提高到55美元，但隨著近年來資源劣質化、資源條件復雜化、安全環(huán)保綠色化、生產要素和物價剛性上漲影響，東部油氣田普遍處于盈虧邊際或虧損狀態(tài)，已無超額收益。另外，將資源稅在全國范圍內由從量計征改為從價計征，實際上也減少了起征點提高所帶給企業(yè)的收益。
　　還有，目前我國油氣企業(yè)一般為上中下游一體化的綜合性油氣企業(yè)，按照目前各地出臺的兩項基金征收辦法，一體化企業(yè)在每個生產銷售環(huán)節(jié)都要繳納，存在重復征收。特別是價格調節(jié)基金，設立政策依據不充分。對能源產品這種經濟生活基礎性產品征收價格調節(jié)基金，變相從源頭上提高了價格。
　　能源稅制改革，我們認為，首先要改變能源稅制立法位階低，缺乏穩(wěn)定性和權威性的現狀。假如只有新頒布的企業(yè)所得稅是法律，其他多數能源稅政策的法律位階較低，并且沒有單獨的稅種，基本上是通過對一些基本稅收法規(guī)的條款修訂、補充而形成，那是難以全面把握的，并且在實際執(zhí)行中還會受到來自各方面的干擾。