企業(yè)辦理銀行結算業(yè)務，按規(guī)定需要向銀行支付一定的費用，這些費用包括憑證工本費、手續(xù)費、郵電費。此外，如果單位違反銀行結算紀律和規(guī)定的行為，銀行還要按規(guī)定收取一定的罰款。
(1)憑證工本費的核算。銀行收取憑證工本費分為當時計收和定期匯總計收兩種方式。
各單位向銀行領購各種結算憑證時，按規(guī)定應填制一式三聯(lián)的結算憑證領用單，并加蓋其預留銀行印鑒，送開戶銀行。開戶銀行審查無誤后，實行當時計收的，向領用人收取結算憑證工本費，并在*9聯(lián)結算憑證領用單中加蓋“轉(zhuǎn)訖”章或“現(xiàn)金收訖”章后退回給領用人。各單位財務部門根據(jù)銀行蓋章退回的結算憑證領用單*9聯(lián)和銀行收費憑證編制現(xiàn)金或銀行存款付款憑證。
例：某單位12月20日向銀行領購結算憑證10本，用現(xiàn)金支付憑證工本費50元，財務部門根據(jù)銀行蓋章退回的結算憑證領用單和銀行收費憑證編制現(xiàn)金付款憑證‚作如下會計分錄：
借：財務費用50
貸：現(xiàn)金50
如果采用定期匯總收費的，則領購時不直接支付，其匯總收費時一次性轉(zhuǎn)賬結算。銀行匯總收費時向各單位發(fā)出特種轉(zhuǎn)賬借方憑證作為支款通知。各單位財務部門根據(jù)銀行特種轉(zhuǎn)賬借方憑證編制銀行存款付款憑證。會計分錄為：借記“財務費用”賬戶，貸記“銀行存款”賬戶。
(2)銀行手續(xù)費和郵電費。銀行辦理結算業(yè)務，按規(guī)定的范圍和規(guī)定的標準向客戶收取一定的手續(xù)費。另外，銀行辦理結算業(yè)務還需向客戶收取郵電費。郵電費和手續(xù)費合在一起交納。
銀行收取手續(xù)費和郵電費也采取當時計收和定期匯總計收兩種方法。當時計件的，各單位在辦理結算時直接用現(xiàn)金交納或者直接辦理轉(zhuǎn)賬，財務部門根據(jù)銀行蓋章退回的有關憑證（如匯票委托書*9聯(lián)等）和銀行收費憑證編制現(xiàn)金或銀行存款付款憑證。其會計核算方法和工本費相同。采用匯總計收的，應根據(jù)銀行特種借方憑證編制銀行存款付款憑證，其會計核算方法和工本費相同。
(3)結算罰款。各單位在辦理結算過程中，由于違反結算紀律和銀行結算的有關規(guī)定如簽發(fā)空頭支票等而被銀行處以罰款時，各單位應根據(jù)銀行的罰款憑證編制銀行存款付款憑證，其會計分錄為：借記“營業(yè)外支出”賬戶，貸記“銀行存款”賬戶。