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事業(yè)編制差額和全額的主要區(qū)別是單位資金供給的方式或解決方案不同。
差額撥款事業(yè)單位，按差額比例，財政承擔(dān)部分，由財政列入預(yù)算;單位承擔(dān)部分，由單位在稅前列支，如醫(yī)院等。差額撥款單位的人員費用由國家財政撥款，其他費用自籌。這些單位的人員工資構(gòu)成中固定部分為60%，非固定部分為40%。按照國家有關(guān)規(guī)定，差額撥款單位要根據(jù)經(jīng)費自主程度，實行工資總額包干或其他符合自身特點的管理辦法，促使其逐步減少國家財政撥款，向經(jīng)費自收自支過渡。
全額撥款事業(yè)單位也稱為全供事業(yè)單位，也就是全額預(yù)算管理的事業(yè)單位，是其所需的事業(yè)經(jīng)費全部由國家預(yù)算撥款的一種管理形式。這種管理形式，一般適用于沒有收入或者收入不穩(wěn)定的事業(yè)單位，如學(xué)校、科研單位、衛(wèi)生防疫、工商管理等事業(yè)單位，即人員費用、公用費用都要由國家財政提供。采用這種管理形式，有利于國家對事業(yè)單位的收入進行全面的管理和監(jiān)督，同時，也使事業(yè)單位的經(jīng)費得到充分的保證。
