高新技術企業(yè)認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)認定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經營不滿三年的按實際經營年限)的研究開發(fā)費用結構明細表和近一個會計年度的高新技術產品(服務)收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。
高新企業(yè)認定條件審計包括：
1、在中國境內（不含港、澳、臺地區(qū)）注冊的企業(yè)，近三年內通過自主研發(fā)、受讓、受贈、并購等方式，或通過5年以上的獨占許可方式，對其主要產品（服務）的核心技術擁有自主知識產權；
2、產品（服務）屬于《國家重點支持的高新技術領域》規(guī)定的范圍；
3、具有大學?？埔陨蠈W歷的科技人員占企業(yè)當年職工總數的30%以上，其中研發(fā)人員占企業(yè)當年職工總數的10%以上；
4、企業(yè)為獲得科學技術（不包括人文、社會科學）新知識，創(chuàng)造性運用科學技術新知識，或實質性改進技術、產品（服務）而持續(xù)進行了研究開發(fā)活動，且近三個會計年度的研究開發(fā)費用總額占銷售收入總額的比例符合如下要求：
（1）最近一年銷售收入小于5，000萬元的企業(yè)，比例不低于6%。
（2）最近一年銷售收入在5，000萬元至20，000萬元的企業(yè)，比例不低于4%。
（3）最近一年銷售收入在20，000萬元以上的企業(yè)，比例不低于3%。
其中，企業(yè)在中國境內發(fā)生的研究開發(fā)費用總額占全部研究開發(fā)費用總額的比例不低于60%。企業(yè)注冊成立時間不足三年的，按實際經營年限計算。
5、高新技術產品（服務）收入占企業(yè)當年總收入的60%以上；
6、企業(yè)研究開發(fā)組織管理水平、科技成果轉化能力、自主知識產權數量、銷售與總資產成長性等指標符合《高新技術企業(yè)認定管理工作指引》（另行制定）的要求。
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