企業(yè)籌辦期間虧損年度的確定
《國家稅務總局關于貫徹落實企業(yè)所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函〔2010〕79號）明確，企業(yè)自開始生產經(jīng)營的年度，為開始計算企業(yè)損益的年度。企業(yè)從事生產經(jīng)營之前進行籌辦活動期間發(fā)生籌辦費用支出，不得計算為當期的虧損，應按《國家稅務總局關于企業(yè)所得稅若干稅務事項銜接問題的通知》（國稅函〔2009〕98號）第九條規(guī)定執(zhí)行，即開（籌）辦費未明確列作長期待攤費用，企業(yè)可以在開始經(jīng)營之日的當年一次性扣除，也可以按照有關長期待攤費用的處理規(guī)定處理，但一經(jīng)選定，不得改變。
核定征收改為查賬征收方式彌補虧損
納稅人由查賬征收方式改為核定征收方式，再改為查賬征收方式的，其以前年度已確認未彌補的虧損可從再改為查賬征收方式的年度起彌補，但彌補虧損期限以發(fā)生虧損年度的下一年開始計算，5年內不論盈虧或者改變征收方式，均連續(xù)計算彌補年限。
例如，某企業(yè)2010年為查賬征收所得稅企業(yè)，累計未彌補虧損150萬元，其中：2008年虧損20萬元，2009年虧損30萬元，2010年虧損100萬元。2011年采取核定征收，前期虧損不允許在2011年度稅前彌補。其2012年又轉為查賬征收，實現(xiàn)利潤50萬元，2012年可彌補以前年度虧損50萬元。2013年實現(xiàn)利潤50萬元，仍可彌補以前年度虧損50萬元。
減征免征所得項目與應稅項目的盈虧互抵
《國家稅務總局關于發(fā)布〈中華人民共和國企業(yè)所得稅年度納稅申報表（A類，2014年版）〉的公告》（國家稅務總局公告2014年第63號）明示《關于做好2009年度企業(yè)所得稅匯算清繳工作的通知》（國稅函〔2010〕148號）作廢。但是，新企業(yè)所得稅申報表的《所得減免優(yōu)惠明細表》（A107020）第7列“減免所得額”在填表說明明確：填報享受所得減免企業(yè)所得稅優(yōu)惠的企業(yè)，該項目按照稅法規(guī)定實際可以享受免征、減征的所得額。本行＜0的，填寫負數(shù)。且第40行第7列=表A100000第20行。而該列數(shù)據(jù)根據(jù)表內、表間關系要填到主表（A100000）第20行中，減去負數(shù)的“所得減免”實際是納稅調增。也就是說，企業(yè)免稅項目虧損不能用應稅項目所得彌補，應作納稅調增處理。
例如，某企業(yè)2013年應稅項目所得100萬元，當年取得符合免稅條件的居民企業(yè)之間的股息、紅利等權益性投資收益50萬元，發(fā)生符合條件的技術轉讓損失為300萬元。該公司2013年發(fā)生的技術轉讓損失300萬元，不能用投資收益50萬元進行彌補，只能用以后年度免稅收入、減計收入以及減征、免征所得額來彌補；也不能用應稅項目所得100萬元來彌補，2013年應納企業(yè)所得稅=100×25%=25萬元。
另外，除另有規(guī)定（企業(yè)合并、分立適用特殊性稅務處理時虧損的繼承彌補）外，境內企業(yè)之間、境內與境外企業(yè)之間、境外企業(yè)之間的盈虧不得互抵，但同一國家分支機構之間的盈虧允許互抵。企業(yè)在匯總繳納企業(yè)所得稅時，境內分支機構之間的盈虧允許互抵，境外同一國家（地區(qū)）分支機構之間的盈虧允許互抵，境外不同國家（地區(qū)）分支機構之間的盈虧也不得互抵。
